Current COVID-19 pandemic and previous SARS/MERS outbreaks have caused a series of major crises to global public health. We must integrate the large and exponentially growing amount of heterogeneous coronavirus data to better understand coronaviruses and associated disease mechanisms, in the interest of developing effective and safe vaccines and drugs. Ontologies have emerged to play an important role in standard knowledge and data representation, integration, sharing, and analysis. We have initiated the development of the community-based Coronavirus Infectious Disease Ontology (CIDO). (...) As an Open Biomedical Ontology (OBO) library ontology, CIDO is an open source and interoperable with other existing OBO ontologies. In this article, the general architecture and the design patterns of the CIDO are introduced, CIDO representation of coronaviruses, phenotypes, anti-coronavirus drugs and medical devices (e.g. ventilators) are illustrated, and an application of CIDO implemented to identify repurposable drug candidates for effective and safe COVID-19 treatment is presented. (shrink)

The current COVID-19 pandemic and the previous SARS/MERS outbreaks of 2003 and 2012 have resulted in a series of major global public health crises. We argue that in the interest of developing effective and safe vaccines and drugs and to better understand coronaviruses and associated disease mechenisms it is necessary to integrate the large and exponentially growing body of heterogeneous coronavirus data. Ontologies play an important role in standard-based knowledge and data representation, integration, sharing, and analysis. Accordingly, we initiated the (...) development of the community-based Coronavirus Infectious Disease Ontology in early 2020. -/- As an Open Biomedical Ontology (OBO) library ontology, CIDO is open source and interoperable with other existing OBO ontologies. CIDO is aligned with the Basic Formal Ontology and Viral Infectious Disease Ontology. CIDO has imported terms from over 30 OBO ontologies. For example, CIDO imports all SARS-CoV-2 protein terms from the Protein Ontology, COVID-19-related phenotype terms from the Human Phenotype Ontology, and over 100 COVID-19 terms for vaccines (both authorized and in clinical trial) from the Vaccine Ontology. CIDO systematically represents variants of SARS-CoV-2 viruses and over 300 amino acid substitutions therein, along with over 300 diagnostic kits and methods. CIDO also describes hundreds of host-coronavirus protein-protein interactions (PPIs) and the drugs that target proteins in these PPIs. CIDO has been used to model COVID-19 related phenomena in areas such as epidemiology. The scope of CIDO was evaluated by visual analysis supported by a summarization network method. CIDO has been used in various applications such as term standardization, inference, natural language processing (NLP) and clinical data integration. We have applied the amino acid variant knowledge present in CIDO to analyze differences between SARS-CoV-2 Delta and Omicron variants. CIDO's integrative host-coronavirus PPIs and drug-target knowledge has also been used to support drug repurposing for COVID-19 treatment. -/- CIDO represents entities and relations in the domain of coronavirus diseases with a special focus on COVID-19. It supports shared knowledge representation, data and metadata standardization and integration, and has been used in a range of applications. (shrink)

Ontologies, as the term is used in informatics, are structured vocabularies comprised of human- and computer-interpretable terms and relations that represent entities and relationships. Within informatics fields, ontologies play an important role in knowledge and data standardization, representation, integra- tion, sharing and analysis. They have also become a foundation of artificial intelligence (AI) research. In what follows, we outline the Coronavirus Infectious Disease Ontology (CIDO), which covers multiple areas in the domain of coronavirus diseases, including etiology, transmission, epidemiology, pathogenesis, diagnosis, (...) prevention, and treatment. We emphasize CIDO development relevant to COVID-19. (shrink)

COVID-19 often manifests with different outcomes in different patients, highlighting the complexity of the host-pathogen interactions involved in manifestations of the disease at the molecular and cellular levels. In this paper, we propose a set of postulates and a framework for systematically understanding complex molecular host-pathogen interaction networks. Specifically, we first propose four host-pathogen interaction (HPI) postulates as the basis for understanding molecular and cellular host-pathogen interactions and their relations to disease outcomes. These four postulates cover the evolutionary dispositions involved (...) in HPIs, the dynamic nature of HPI outcomes, roles that HPI components may occupy leading to such outcomes, and HPI checkpoints that are critical for specific disease outcomes. Based on these postulates, an HPI Postulate and Ontology (HPIPO) framework is proposed to apply interoperable ontologies to systematically model and represent various granular details and knowledge within the scope of the HPI postulates, in a way that will support AI-ready data standardization, sharing, integration, and analysis. As a demonstration, the HPI postulates and the HPIPO framework were applied to study COVID-19 with the Coronavirus Infectious Disease Ontology (CIDO), leading to a novel approach to rational design of drug/vaccine cocktails aimed at interrupting processes occurring at critical host-coronavirus interaction checkpoints. Furthermore, the host-coronavirus protein-protein interactions (PPIs) relevant to COVID-19 were predicted and evaluated based on prior knowledge of curated PPIs and domain-domain interactions, and how such studies can be further explored with the HPI postulates and the HPIPO framework is discussed. (shrink)

A presente pesquisa em desenvolvimento tem como propósito demonstrar por meio da interpretação das concepções filosóficas a influência de Gustav Radbruch tendo como ponto de partida o direito das obrigações. Por meio da análise da obra Filosofia do Direito, entende-se a perpetuação do autor como uma ponte para a compreensão dos conceitos de personalidade, propriedade e contrato, tendo como fundamento sempre as bases do direito alemão.

I sitt berömda bevis för tidens overklighet påstod McTaggart att det sätt händelser tycks skifta position i tiden från framtid till nutid och till förfluten tid, innebär en motsägelse. Vad McTaggart egentligen menade har varit föremål för en livlig debatt ända sedan beviset först publicerades 1908. Beviset består av två delar. I den första argumenterar McTaggart för att ingenting kan förändras förutom genom att övergå från framtid till förfluten tid. I den andra argumenterar han för att en sådan övergång innebär (...) en motsägelse och att det därför inte kan finnas någon förändring överhuvudtaget, vilket i sin tur innebär att det heller inte finns någon tid. De flesta filosofer är i dag eniga om att McTaggart har fel, men oeniga om på vilket sätt han har fel. Olika filosofer förkastar olika delar av beviset, beroende på om de har vad som kallas en A- eller B-uppfattning av tiden. De som har en A-uppfattning förnekar att tid förstådd som övergång från framtid till förfluten tid är motsägelsefull. De som har en B-uppfattning förnekar att en övergång från framtid till förfluten tid är nödvändig för förändring, men håller med om att sådan övergång är motsägelsefull. Det är min uppfattning att denna oenighet beror på att McTaggarts argument från första början blivit missuppfattat, av både A- och B-teoretiker. Av någon anledning har det alltid betraktats som ett självständigt argument, ett som är oberoende av det ontologiska system McTaggart förespråkade. Jag föreslår ett nytt sätt att förstå hur han menade att tiden är motsägelsefull. Ett sätt som tar hans ontologiska system som utgångspunkt. (shrink)

I årtusenden har människan försökt definiera livet – hur levande djur och växter skiljer sig från död materia. Problemet är dock att livet är mångfacetterat, och varje regel har sitt undantag. Vi försöker möta kommande utmaningar med nya livsformer, genom att lyfta fram en ny definition av liv.

Om människan någon gång kommer att få förmågan att skapa nya livsformer, hur kommer det att påverka livets värde? Detta är en fråga som kan vara en källa till oro när man diskuterar konstgjort liv, men är oron befogad? I ett försök att svara på den frågan kommer jag att gå igenom några möjliga skäl till varför förmågan att skapa konstgjort liv skulle hota livets värde, och se om de verkligen ger oss skäl att oroa oss.

Sokrates var inte bara en filosofisk nydanare. Genom sitt sätt att involvera sina samtalspartners i den filosofiska processen var han också i hög utsträckning en pedagogisk nydanare. Hans pedagogiska grundidé var den så kallade majeutiska metoden – det vill säga ”barnmorskemetoden”. Med det menade han att han inte överförde sina egna färdiga tankar till den han talade med utan han hjälpte sin samtalspartner att föda sina egna tankar. Inom pedagogiken är det vanligt att använda den så kallade ”Sokratiska metoden” vilket (...) i sin enklaste form bara innebär att man ställer frågor till studenterna. Den här artikeln kommer emellertid att handla om en mer sofistikerad metod som används för begreppsanalys/begreppsdefinition i grupp. Metoden är inspirerad av Sokrates men skiljer sig också en del från hur Sokrates själv grep sig an sina dialoger – åtminstone så som de beskrivs av Platon. Artikeln innehåller en kort historisk och pedagogisk bakgrund men syftar framför allt till att utgöra en praktisk vägledning för genomförande av sokratiska dialoger i filosofiundervisningen. Artikeln bygger framför allt på mina egna erfarenheter av att använda Sokratisk Dialog i undervisningen vid Filosofiska institutionen vid Lunds universitet, Lunds Tekniska Högskola, Sveriges Lantbruksuniversitet och i det privata näringslivet. Artikeln vänder sig till alla som undervisar i filosofi på universitetet eller gymnasiet eller i filosofiska metoder för studenter vid andra utbildningar, t.ex. värdeteori, vetenskapsteori eller tillämpad etik för ingenjörer eller medicinare – eller i vilket annat ämne som helst där det förekommer begrepp som saknar en enkel och knivskarp definition men som är viktiga för ämnet. (shrink)

I detta dokument ger jag mina teorier, idéer och förklaringar till hur jag tror att medvetandet fungerar, vad det är och varför vi har det. Enligt mig är alla levande varelser bara biologiska maskiner, skulpterade av evolutionen för att bli så anpassad som möjligt till den miljö som de befinner sig i. Allt fungerar på ett speciellt sätt, det går att förklaras och förstås, det finns ingen magi, och medvetandet är inget undantag, det finns där av en anledning.

John Rawls A Theory of Justice har haft ett monumentalt inflytande på den moderna politiska filosofin. Jag försöker här genom några nedslag i den nutida diskussionen förmedla en bild av detta inflytande, och av bokens fortsatta filosofiska relevans. Jag inleder med en kort presentation av huvuddragen i Rawls rättviseteori. Efter det går jag igenom, och bemöter, kritiken mot idealteori. Jag diskuterar sedan förhållandet mellan rättvisa och ekonomisk ojämlikhet, och förklarar varför teorin är radikalare än vad många kritiker insett. Slutligen går (...) jag igenom hur en kontraktsteori av detta slag kan hantera frågan om rättvisa mellan generationer. (shrink)

Årets Hägerströmföreläsningar i Uppsala gavs i februari av den norske filosofen Dagfinn Føllesdal. Ämnet var "Mening og Erfaring". Dagfinn Føllesdal doktorerade 1961 vid Harvard med Willard Van Quine som handledare på en avhandling om kvantifierad modallogik. Han blev internationellt känd främst för studier om Husserls fenomenologi och dess förhållande till Frege samt för sina arbeten om Quines språkfilosofi. Allt sedan 60-talet har Føllesdal delat sin tid mellan Oslouniversitetet och Stanforduniversitetet i Kalifornien. I sina föreläsningar diskuterade Føllesdal meningsbegreppet med anknytning till (...) teorier formulerade av sådana tidigare Hägerströmföreläsare som Quine, Davidson och Kripke. En utgångspunkt för framställningen var Quines empiristiska syn på språket: Allt vi kan lära om omvärlden och varandra, inklusive språket, är grundat på socialt tillgänglig evidens. Enligt Quines uppfattning är språket väsentligen ett socialt fenomen. Detta innebär att: (i) språket har blivit till genom en social process; (ii) individens inlärning av språket sker på basen av socialt tillgänglig information; och (iii) användningen av språket är en social process. Den centrala frågeställningen som diskuterades i föreläsningarna var: Hur skall vi utifrån en empiristisk syn på språket förstå mening och kommunikation? Quine var den förste att på ett helt explicit sätt formulera denna problemställning. (shrink)

This sixth volume of Collected Papers includes 74 papers comprising 974 pages on (theoretic and applied) neutrosophics, written between 2015-2021 by the author alone or in collaboration with the following 121 co-authors from 19 countries: Mohamed Abdel-Basset, Abdel Nasser H. Zaied, Abduallah Gamal, Amir Abdullah, Firoz Ahmad, Nadeem Ahmad, Ahmad Yusuf Adhami, Ahmed Aboelfetouh, Ahmed Mostafa Khalil, Shariful Alam, W. Alharbi, Ali Hassan, Mumtaz Ali, Amira S. Ashour, Asmaa Atef, Assia Bakali, Ayoub Bahnasse, A. A. Azzam, Willem K.M. Brauers, Bui (...) Cong Cuong, Fausto Cavallaro, Ahmet Çevik, Robby I. Chandra, Kalaivani Chandran, Victor Chang, Chang Su Kim, Jyotir Moy Chatterjee, Victor Christianto, Chunxin Bo, Mihaela Colhon, Shyamal Dalapati, Arindam Dey, Dunqian Cao, Fahad Alsharari, Faruk Karaaslan, Aleksandra Fedajev, Daniela Gîfu, Hina Gulzar, Haitham A. El-Ghareeb, Masooma Raza Hashmi, Hewayda El-Ghawalby, Hoang Viet Long, Le Hoang Son, F. Nirmala Irudayam, Branislav Ivanov, S. Jafari, Jeong Gon Lee, Milena Jevtić, Sudan Jha, Junhui Kim, Ilanthenral Kandasamy, W.B. Vasantha Kandasamy, Darjan Karabašević, Songül Karabatak, Abdullah Kargın, M. Karthika, Ieva Meidute-Kavaliauskiene, Madad Khan, Majid Khan, Manju Khari, Kifayat Ullah, K. Kishore, Kul Hur, Santanu Kumar Patro, Prem Kumar Singh, Raghvendra Kumar, Tapan Kumar Roy, Malayalan Lathamaheswari, Luu Quoc Dat, T. Madhumathi, Tahir Mahmood, Mladjan Maksimovic, Gunasekaran Manogaran, Nivetha Martin, M. Kasi Mayan, Mai Mohamed, Mohamed Talea, Muhammad Akram, Muhammad Gulistan, Raja Muhammad Hashim, Muhammad Riaz, Muhammad Saeed, Rana Muhammad Zulqarnain, Nada A. Nabeeh, Deivanayagampillai Nagarajan, Xenia Negrea, Nguyen Xuan Thao, Jagan M. Obbineni, Angelo de Oliveira, M. Parimala, Gabrijela Popovic, Ishaani Priyadarshini, Yaser Saber, Mehmet Șahin, Said Broumi, A. A. Salama, M. Saleh, Ganeshsree Selvachandran, Dönüș Șengür, Shio Gai Quek, Songtao Shao, Dragiša Stanujkić, Surapati Pramanik, Swathi Sundari Sundaramoorthy, Mirela Teodorescu, Selçuk Topal, Muhammed Turhan, Alptekin Ulutaș, Luige Vlădăreanu, Victor Vlădăreanu, Ştefan Vlăduţescu, Dan Valeriu Voinea, Volkan Duran, Navneet Yadav, Yanhui Guo, Naveed Yaqoob, Yongquan Zhou, Young Bae Jun, Xiaohong Zhang, Xiao Long Xin, Edmundas Kazimieras Zavadskas. (shrink)

In this tenth book of scilogs – called via neutrosophica (the neutrosophic way) –, one may find new and old questions and solutions, referring mostly to topics on NEUTROSOPHY, but also MULTISPACE, with miscellaneous addition of topics on Physics, Mathematics, or Sociology – email messages to research colleagues, or replies, notes about authors, articles, or books, spontaneous ideas, and so on. -/- Exchanging ideas with A. Elhassouny, Junhui Kim, Jeong Gon Lee, Kul Hur, Hojjatollah Farahani, W. B. Vasantha Kandasamy, Said (...) Broumi, Mumtaz Ali, Mohamed Abdel-Basset, Ozen Ozer, Madad Khan, Gheorghe Săvoiu, John Mordeson, Adesina Agboola, Waldyr Rodrigues, Ajay Sharma, Stephen Crothers, Vlad, Dmitri Rabounski, Victor Christianto, Trung Duyên, Mirela Teodorescu, Ioan Aurel Pop.‬‬‬. (shrink)

In this seventh book of scilogs collected from my nest of ideas, one may find new and old questions and solutions, referring to different scientific topics – email messages to research colleagues, or replies, notes about authors, articles, or books, so on. -/- Exchanging ideas with Akeem Adesina A. Agboola, Muhammad Akram, Octavian Blaga, Said Broumi, Kajal Chatterjee, Vic Christianto, Octavian Cira, Mihaela Colhon, B. Davvaz, Luu Quoc Dat, R. Dhavaseelan, Jean Dezert, Hoda Esmail, Reza Farhadian, Ervin Goldfain, Muhammad Gulistan, (...) Yanhui Guo, Keli Hur, Saeid Jafari, W. B. Vasantha Kandasamy, J. Kim, J.G. Lee, Xinde Li, P. K. Lim, R. K. Mohanty, Mumtaz Ali, To Santanu Kumar Patro, Xu Peng, Dmitri Rabounski, Nouran Radwan, A.A. Salama, Musavarah Sarwar, Ganeshsree Selvachandran, Le Hoang Son, Selçuk Topal, Andrușa Vătuiu, Ștefan Vlăduțescu, Xiaohong Zhang.‬‬‬. (shrink)

Syftet med denna studie är att undersöka hur sex stycken tillfrågade lärare för grundskolans lägre årskurser F-3 upplever sin undervisning kring läroplanens område sexualitet, samtycke och relationer. Studien utgår från Sandra Hardings genusteori samt Judith Butlers begrepp kring performativitet. Studien är tänkt att synliggöra hur lärare i de lägre årskurserna undervisar kring läroplanens område sexualitet, samtycke och relationer samt att lyfta hur undervisningen balanseras mellan kön och normer. -/- Resultatet av studien visar att det upplevs finnas svårigheter kring framför allt (...) ämnet sexualitet i läroplanens område sexualitet, samtycke och relationer där det framkommer en osäkerhet kring vad undervisningen förväntas innehålla samt den egna lärarens svårighet att veta hur ämnet ska anpassas till grundskolans lägre åldrar. Inte heller sexuella övergrepp och grooming lyfts av fler än två av de sex tillfrågade lärarna, något som inte svarar mot det eventuella behovet av sådan undervisningen med tanke på att forskning visar hur vanligt det är med sexuella övergrepp hos barn. -/- Studiens resultat visar också på att lärarna har ett väletablerat normkritiskt förhållningssätt där de aktivt reflekterar över sina egna normer och språkbruk för att inte förstärka normer i sin undervisning. I och med detta aktiva normkritiska förhållningssätt påvisade studien knappa svårigheter kring balansen mellan kön och normer i undervisningen inom området sexualitet, samtycke och relationer. Normerna kring genus uppfattades av de tillfrågade lärarna skapas utanför skolverksamheten. Eleverna upplevdes av lärarna att vara medvetna om normer hörande till de olika könen, vilket styrks av tidigare forskning där kulturella definitioner av manligt och kvinnligt påverkar barn även i yngre ålder. Resultatet av studien förklaras utifrån Hardings genusteori där lärarnas individuella normer kring genus, som är en produkt av hur de strukturella och symboliska normerna i samhället ser ut, kan ha en inverkan på hur de tolkar innehållet i läroplanens område sexualitet, samtycke och relationer. Det tolkas även utifrån Butlers begrepp om performativitet, att våra handlingar och ord skapar normer, där lärarna riskerar att påverka undervisningen i och med att undervisningen eventuellt kan föra vidare beteenden och normer som är påverkade av den individuella tolkningen av området. (shrink)

Det är min uppfattning att tabellen över avsiktlighet (rationalitet, medvetande, sinne, tanke, språk, personlighet etc.) som har framträdande här beskriver mer eller mindre exakt, eller åtminstone fungerar som en heuristisk för, hur vi tänker och beter sig, och så det omfattar inte bara filosofi och psykologi, men allt annat (historia, litteratur, matematik, politik etc.). Observera särskilt att avsiktlighet och rationalitet som jag (tillsammans med Searle, Wittgenstein och andra) visa det, omfattar både medvetna deliberative språkliga System 2 och omedvetna automatiserade prelinguistiska (...) System 1 åtgärder eller reflexer. Jag ger en kritisk undersökning av några av de viktigaste resultaten av två av de mest framstående studenter beteende i modern tid, Ludwig Wittgenstein och John Searle, om den logiska strukturen av avsiktlighet (sinne, språk, medvetande, beteende), med som min utgångspunkt Wittgenstein grundläggande upptäckt, att alla verkligt "filosofiska" problem är desamma-förvirring om hur man använder språket i ett visst sammanhang, och så alla lösningar är desamma, titta på hur språket kan användas i det aktuella sammanhanget så att dess sanningsvillkor (Villkor för tillfredsställelse eller COS) är tydliga. Det grundläggande problemet är att man kan säga vad som helst, men man kan inte betyda (ange tydliga COS för) någon godtycklig yttrande och mening är endast möjligt i ett mycket specifikt sammanhang. Jag analyserar olika skrifter av och om dem från det moderna perspektivet av de två tankesystemen (populariserades som "tänkande snabbt, tänkande långsamt"), med en ny tabell över avsiktlighet och nya dubbla system nomenklatur. Jag visar att detta är en kraftfull heuristisk för att beskriva beteende. Således är allt beteende intimt ansluten om man tar rätt synvinkel. Den fenomenologiska Illusion (glömska till vårt automatiserade System 1) är universell och sträcker sig inte bara hela filosofin utan hela livet. Jag är säker på att Chomsky, Obama, Zuckerberg och påven skulle vara skeptiska om berättade att de lider av samma problem som Hegel, Husserl och Heidegger, (eller att de skiljer sig endast i grad från drog-och sexmissbrukare i att motiveras av stimulering av deras frontalkortices genom leverans av dopamin (och över 100 andra kemikalier) via ventrala tegmentum och nukleos accumbens), men det är helt klart sant. Medan fenomenologerna bara slösat bort en hel del människors tid, slösar de bort jorden och deras ättlings framtid. (shrink)

Det är min uppfattning att tabellen över avsiktlighet (rationalitet, medvetande, sinne, tanke, språk, personlighet etc.) som har framträdande här beskriver mer eller mindre exakt, eller åtminstone fungerar som en heuristisk för, hur vi tänker och beter sig, och så det omfattar inte bara filosofi och psykologi, men allt annat (historia, litteratur, matematik, politik etc.). Observera särskilt att avsiktlighet och rationalitet som jag (tillsammans med Searle, Wittgenstein och andra) visa det, omfattar både medvetna deliberative språkliga System 2 och omedvetna automatiserade prelinguistiska (...) System 1 åtgärder eller reflexer. Jag ger en kritisk undersökning av några av de viktigaste resultaten av två av de mest framstående studenter beteende i modern tid, Ludwig Wittgenstein och John Searle, om den logiska strukturen av avsiktlighet (sinne, språk, medvetande, beteende), med som min utgångspunkt Wittgenstein grundläggande upptäckt, att alla verkligt "filosofiska" problem är desamma-förvirring om hur man använder språket i ett visst sammanhang, och så alla lösningar är desamma, titta på hur språket kan användas i det aktuella sammanhanget så att dess sanningsvillkor (Villkor för tillfredsställelse eller COS) är tydliga. Det grundläggande problemet är att man kan säga vad som helst, men man kan inte betyda (ange tydliga COS för) någon godtycklig yttrande och mening är endast möjligt i ett mycket specifikt sammanhang. Jag analyserar olika skrifter av och om dem från det moderna perspektivet av de två tankesystemen (populariserades som "tänkande snabbt, tänkande långsamt"), med en ny tabell över avsiktlighet och nya dubbla system nomenklatur. Jag visar att detta är en kraftfull heuristisk för att beskriva beteende. Således är allt beteende intimt ansluten om man tar rätt synvinkel. Den fenomenologiska Illusion (glömska till vårt automatiserade System 1) är universell och sträcker sig inte bara hela filosofin utan hela livet. Jag är säker på att Chomsky, Obama, Zuckerberg och påven skulle vara skeptiska om berättade att de lider av samma problem som Hegel, Husserl och Heidegger, (eller att de skiljer sig endast i grad från drog-och sexmissbrukare i att motiveras av stimulering av deras frontalkortices genom leverans av dopamin (och över 100 andra kemikalier) via ventrala tegmentum och nukleos accumbens), men det är helt klart sant. Medan fenomenologerna bara slösat bort en hel del människors tid, slösar de bort jorden och deras ättlings framtid. (shrink)