The Ontology for Biomedical Investigations (OBI) is an ontology that provides terms with precisely defined meanings to describe all aspects of how investigations in the biological and medical domains are conducted. OBI re-uses ontologies that provide a representation of biomedical knowledge from the Open Biological and Biomedical Ontologies (OBO) project and adds the ability to describe how this knowledge was derived. We here describe the state of OBI and several applications that are using it, such as adding semantic expressivity to (...) existing databases, building data entry forms, and enabling interoperability between knowledge resources. OBI covers all phases of the investigation process, such as planning, execution and reporting. It represents information and material entities that participate in these processes, as well as roles and functions. Prior to OBI, it was not possible to use a single internally consistent resource that could be applied to multiple types of experiments for these applications. OBI has made this possible by creating terms for entities involved in biological and medical investigations and by importing parts of other biomedical ontologies such as GO, Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) and Phenotype Attribute and Trait Ontology (PATO) without altering their meaning. OBI is being used in a wide range of projects covering genomics, multi-omics, immunology, and catalogs of services. OBI has also spawned other ontologies (Information Artifact Ontology) and methods for importing parts of ontologies (Minimum information to reference an external ontology term (MIREOT)). The OBI project is an open cross-disciplinary collaborative effort, encompassing multiple research communities from around the globe. To date, OBI has created 2366 classes and 40 relations along with textual and formal definitions. The OBI Consortium maintains a web resource providing details on the people, policies, and issues being addressed in association with OBI. (shrink)

Throughout the biological and biomedical sciences there is a growing need for, prescriptive ‘minimum information’ (MI) checklists specifying the key information to include when reporting experimental results are beginning to find favor with experimentalists, analysts, publishers and funders alike. Such checklists aim to ensure that methods, data, analyses and results are described to a level sufficient to support the unambiguous interpretation, sophisticated search, reanalysis and experimental corroboration and reuse of data sets, facilitating the extraction of maximum value from data sets (...) them. However, such ‘minimum information’ MI checklists are usually developed independently by groups working within representatives of particular biologically- or technologically-delineated domains. Consequently, an overview of the full range of checklists can be difficult to establish without intensive searching, and even tracking thetheir individual evolution of single checklists may be a non-trivial exercise. Checklists are also inevitably partially redundant when measured one against another, and where they overlap is far from straightforward. Furthermore, conflicts in scope and arbitrary decisions on wording and sub-structuring make integration difficult. This presents inhibit their use in combination. Overall, these issues present significant difficulties for the users of checklists, especially those in areas such as systems biology, who routinely combine information from multiple biological domains and technology platforms. To address all of the above, we present MIBBI (Minimum Information for Biological and Biomedical Investigations); a web-based communal resource for such checklists, designed to act as a ‘one-stop shop’ for those exploring the range of extant checklist projects, and to foster collaborative, integrative development and ultimately promote gradual integration of checklists. (shrink)

A wide variety of ontologies relevant to the biological and medical domains are available through the OBO Foundry portal, and their number is growing rapidly. Integration of these ontologies, while requiring considerable effort, is extremely desirable. However, heterogeneities in format and style pose serious obstacles to such integration. In particular, inconsistencies in naming conventions can impair the readability and navigability of ontology class hierarchies, and hinder their alignment and integration. While other sources of diversity are tremendously complex and challenging, agreeing (...) a set of common naming conventions is an achievable goal, particularly if those conventions are based on lessons drawn from pooled practical experience and surveys of community opinion. We summarize a review of existing naming conventions and highlight certain disadvantages with respect to general applicability in the biological domain. We also present the results of a survey carried out to establish which naming conventions are currently employed by OBO Foundry ontologies and to determine what their special requirements regarding the naming of entities might be. Lastly, we propose an initial set of typographic, syntactic and semantic conventions for labelling classes in OBO Foundry ontologies. Adherence to common naming conventions is more than just a matter of aesthetics. Such conventions provide guidance to ontology creators, help developers avoid flaws and inaccuracies when editing, and especially when interlinking, ontologies. Common naming conventions will also assist consumers of ontologies to more readily understand what meanings were intended by the authors of ontologies used in annotating bodies of data. (shrink)

Nel primo paragrafo sarà esaminato l’impianto normativo che regola le pubbliche amministrazioni, riformato dalle l. n. 142 e n. 241 del 1990, dal D.Lgs. 29/1993, dalle “leggi Bassanini” e dalla legge-quadro 150/2000, sia riguardo al diritto di accesso nei confronti dell’attività dell’amministrazione, sia in merito al radicamento di criteri di efficacia, efficienza ed economicità delle policies sia agli strumenti con cui gli Enti locali e cittadini possono comunicare. Gli anni ‘90 segnano l’inizio di un processo volto alla riorganizzazione delle PA (...) a partire dalla centralità della comunicazione istituzionale ma anche della concezione del “diritto all’informazione” nelle tre accezioni di diritto “di informare, “di informarsi” e “essere informati”. La Levi ha ben sottolineato “la rapidità inusuale nella storia nazionale” di tale riforma e la centralità assunta in essa dalle dimensioni dell’informazione, della comunicazione e della partecipazione: "In sintesi, si può ritenere legittimo concludere che le riforme del decennio 1990-2000 abbiano segnato il passaggio dal segreto alla trasparenza e dall’unilateralità alla partecipazione. Le politiche di modernizzazione in tema di comunicazione pubblica e di maggiore trasparenza dell’attività dell’amministrazione si sono mosse verso una più marcata tutela dei diritti dei cittadini e verso l’accentuazione del risultato dell’azione amministrativa" (2004, p. 16). Grandi ha ribadito che tale evoluzione costituisce nella cultura politica dello stato di diritto una «sorta di pre-condizione dell’emergere dei nuovi diritti di cittadinanza, intesi quale partecipazione consapevole e informata al processo decisionale pubblico» (Grandi 20022, 13). Nel secondo paragrafo verranno descritte gli ambiti di applicazione, le finalità, gli obiettivi e le strutture della comunicazione istituzionale disciplinate dalla legge n. 150/2000 e dai conseguenti regolamenti attuativi: il Portavoce, l’Ufficio stampa, l’Ufficio per le relazioni al pubblico. Come vedremo, si tratta di una normativa che rappresenta un punto di arrivo e un punto di partenza, in quanto, da un lato, se chiude il decennio delle riforme amministrative, d’altro lato, problematizza compiutamente per la prima volta il rapporto di comunicazione tra PA e cittadini e pone in evidenza tutte le difficoltà nell’implementare le norme nella realtà. Agli elementi critici della comunicazione istituzionale sono riservate le considerazioni conclusive: dal reclutamento e formazione del personale, al coordinamento delle strutture, dal persistere di mentalità burocratiche e autoreferenziale alla carenza di risorse. Il problema delle dotazioni organiche e finanziarie, in particolare, è molto sentito dalle amministrazioni di dimensioni più piccole, le quali spesso ricorrono alla “esternalizzazione” di attività degli uffici di comunicazione, non solo per la produzione editoriale, le campagne pubblicitarie e i servizi di gestione degli eventi, ma anche per il sito internet e i compiti di informazione più tradizionali. In tale situazione, la comunicazione istituzionale, pur dichiarata come strategica, rischia di rimanere un momento residuale dell’azione pubblica sia in termini di processo sia in termini di contenuto, slegata dagli obiettivi dell’organizzazione. (shrink)

La simbologia iniziatica raccoglie varie forme di simboli: quelli che appartengono a un’antica tradizione e che si ripresentano come una normalizzazione del passato in chiave modernizzata; quelli che derivano da un patto tra i membri della collettività iniziatica e che garantiscono l’unità del gruppo, che sono sincronici nell’ambito del gruppo stesso; quelli che hanno il senso di proiezione al superamento dei limiti gnoseologici del gruppo e dei suoi membri, sono tradizionali ma mediante il loro carattere di molteplicità semantica offrono nuove (...) opportunità gnoseologiche. Il silenzio non fa parte della prima categoria, perché non tutti i gruppi iniziatici antichi o tradizionali lo utilizzavano ritualmente o lo consideravano come simbolo e quindi non poteva avere una funzione normativa suscettibile di modernizzazione. Può essere momento cruciale del secondo quando viene ritualizzato nelle diverse fasi d’apprendimento sulla base di una pattuizione connessa alla creazione del rituale e costituendosi come uno dei fulcri sincronici del gruppo, assicurando la sua unitarietà. Può anche appartenere al terzo caso quando assume una veste tradizionale ma avendo una sua pluridimensionalità semantica, nella comunione del dicere e tacere pulsa di opportunità nuove per l’accrescimento iniziatico. Il silenzio nel contesto iniziatico è una forma linguistica specifica che caratterizza tutto il percorso degli iniziati. Questi elaborano all’interno del gruppo la sintassi del silenzio, la morfologia dei simboli espressi tacitamente, senza spiegare compiutamente i loro significati. Ogni simbolo, o segno in senso semiotico, ha delle diverse significazioni per le diverse fasi del percorso iniziatico. Ognuno appartiene a una diversa tipologia di rapporto con ciò a cui si riferisce: ha rapporto di “similarità” come il disegno di una squadra e compasso che illustra degli oggetti operativi, di “prossimità” quando manifesta l’operazione di misurazione e di relazione dei rapporti alla quale l’oggetto è destinato, di “concordanza” se rinvia all’oggetto dentro la cognizione di una regola architettonica. Il simbolo in quanto forma speciale di segno si manifesta (prima fase d’apprendimento), come nell’esempio, in modalità iconografico-descrittiva contenente un significato “dettato”. È una dictatio iniziatica da tenere nel silenzio di fronte al mondo essoterico , del quale l’iniziando è ancora permeato, la simbologia deve essere evocata senza esplicitarne i suoi intimi significati, la si descrive ma non la si espone compiutamente. È il valore evocativo, indeterminato e silenziato, che deve stimolare l’iniziando alla ricerca dei significati. L’indeterminazione del silenzio destruttura l’essoterico, il suo pensiero le sue categorie criteri e valori, porta al deserto dei significati essoterici come via all’ontologia del linguaggio iniziatico. È stadio di attesa, di rinvio a un mondo altro. Si sospettano dei significati che nella successiva fase incominciano a palesarsi in una dictatio più precisa, un dictamen funzionale a rappresentare il concetto di misurazione nelle sue plurime significanze ove la misura è assunta come astrazione simbolico-concettuale. Proseguendo, il segno in forma di oggetto si spoglia di ogni rimando fattuale ed esistenziale, di comunicazione di un’astrazione o ideazione concettuale e si smaschera nel suo essere “regola” iniziatica. (shrink)