Dans la Théorie élémentaire de la botanique, dont la première édition date de 1813, Augustin-Pyramus de Candolle se propose d’expliquer et de fonder rationnellement la méthode naturelle de classification des plantes. Pour cela, il est amené à comparer les différentes méthodes existantes. Par ailleurs, dans l’introduction, il propose une classification générale des sciences. Dans les deux cas, on retrouve un même souci de justifier le statut scientifique de la botanique.