Phylogeography involves the analysis of gene genealogies in a spatial context, to infer the historical processes that have shaped the current population structure and distribution of organisms. The field has expanded rapidly in the last three decades, triggered by important technical and methodological advances. However, these technical improvements have not been paralleled by major changes in theoretical paradigms. I suggest that phylogeographic techniques are underutilized, and that adopting an organismal, integrative, and iterative research program in phylogeography will reinforce the explanatory (...) power of the discipline. (shrink)

A phenome occurs through the many pathways of the complex net of interaction between the phenome and its environment; therefore researching and understanding how it arises requires investigation into many possible causes that are in constant interaction with each other. The most comprehensive investigations in biology are the ones in which many biologists from different sub-areas—evolutionary biology, developmental biology, molecular biology, physiology, genetics, epigenetics, ecology—have collaborated. Still, biologists do not always need to collaborate or look for the most comprehensive explanations. (...) A more standard investigation in biology occurs within a single subarea, and uses well-defined experiments with very specific conditions. This paper is about causation and related explanation in plant phenome research and its relevance to Aristotle’s Theory of Four Causes. I argue that there are causes which resemble Aristotle’s formal, material, and efficient causes in phenotype explanation and occurrence; but causes which resemble Aristotle’s final causes occur in phenotype explanation only, not in the occurrence. (shrink)

Felsefe tarihinin hiç şüphesiz en önemli filozoflarından biri olan Aristoteles (M.Ö. 384-322), aynı zamanda bilim tarihinin de en önemli kişilerindendir. Yaşadığı dönemde henüz bilim ve felsefe ayrılmamıştır; bununla birlikte Aristoteles, bilimsel ve sistemli düşünmenin, örnekleme yapmanın, bilim insanının doğaya öğrenmek için yaklaşmasının ilkelerini, ilk kez bu derece düzenli şekilde ortaya koyan kişi olmuştur. Dört neden kuramı söz konusu ilkelerin temelini oluşturmaktadır. Bu çalışmada günümüz biyolojisinin en kapsamlı tartışmalarından biri olan ‘fenotipin ne olduğu ve nasıl oluştuğu’ konusunun, Aristoteles’in dört neden kuramı (...) ile ilişkisi incelenmiştir. Genotip, fenotip ve çevrenin son derece karmaşık yolları içeren etkileşim ağı, araştırılması için birden fazla nedensel sorgulamayı gerektirir ki bu sorgulama bir anlamda Aristoteles’in dört neden kuramının, maddi, formel ve fail nedenlerinin bir arada sorgulanmasına benzerdir. (shrink)