Usually within the context of computer simulations in quantum chemistry practices, there is a distinction between ab initio and semi-empirical methods. Related to this, a controversy within the scientific and philosophical communities came about regarding the superiority of the ab initio methods due to their theoretical rigor. In this article we re-evaluate the condition of the semi-empirical simulations in this area of research. We examine some of the aspects of this debate that have been considered in philosophy and provide additional (...) elements to the analysis. (shrink)

Focusing on computational studies of pericyclic reactions from the late twentieth century into the twenty-first century, this paper argues that computational diagnostics is a key methodological development that characterize the management and coordination of plural approximation methods in computational organic chemistry. Predictive divergence between semi-empirical and ab initio approximation methods in the study of pericyclic reactions has issued in epistemic dissent. This has resulted in the use of diagnostics to unpack computational greyboxes in order to critically assess the effect of (...) specific misrepresentations on predictive accuracy given that approximations and idealizations must be made to render computational models tractable. Furthermore, benchmarking is used to determine the applicability of approximation methods depending on how accurate the results need to be in a given research context. The epistemology of benchmarking consists of the co-generation of data sets in a hybrid computational–experimental form used to standardize computational methods but does not determine a unique quantitative method to be used across computational organic chemistry. (shrink)

L’utilisation de méthodes informatiques dans la conception pré-clinique de molécules thérapeutiques s’est développée à partir de 1970 dans le cadre d’une stratégie dite de « rational drug design ». Une analyse de cette approche est d’abord développée. Deux contextualisations de ces pratiques sont ensuite proposées. Certains résultats de l’historiographie des médicaments permettent, premièrement, de préciser la doctrine particulière du médicament à laquelle cette stratégie se rattache. Deuxièmement, puisque la rationalité déclarée de cette dernière s’appuie sur des outils scientifiques développés en (...) (bio)chimie, une analyse de leur statut épistémologique est conduite en étudiant leur émergence. Ceci permet de comprendre les spécificités que la rationalité véhiculée par ces outils computationnels comporte (représentation de la matière particulière dont la validité est uniquement pragmatique, emploi d’un grand nombre de données empiriques, réalisation d’estimations et approximations, diffusion de ces dernières sous forme de programmes informatiques). Nous soulignons l’importance de l’ordinateur dans la standardisation de ces méthodes. (shrink)

L’utilisation de méthodes informatiques dans la conception pré-clinique de molécules thérapeutiques s’est développée à partir de 1970 dans le cadre d’une stratégie dite de « rational drug design ». Une analyse de cette approche est d’abord développée. Deux contextualisations de ces pratiques sont ensuite proposées. Certains résultats de l’historiographie des médicaments permettent, premièrement, de préciser la doctrine particulière du médicament à laquelle cette stratégie se rattache. Deuxièmement, puisque la rationalité déclarée de cette dernière s’appuie sur des outils scientifiques développés en (...) (bio)chimie, une analyse de leur statut épistémologique est conduite en étudiant leur émergence. Ceci permet de comprendre les spécificités que la rationalité véhiculée par ces outils computationnels comporte (représentation de la matière particulière dont la validité est uniquement pragmatique, emploi d’un grand nombre de données empiriques, réalisation d’estimations et approximations, diffusion de ces dernières sous forme de programmes informatiques). Nous soulignons l’importance de l’ordinateur dans la standardisation de ces méthodes. (shrink)