The Planteome project provides a suite of reference and species-specific ontologies for plants and annotations to genes and phenotypes. Ontologies serve as common standards for semantic integration of a large and growing corpus of plant genomics, phenomics and genetics data. The reference ontologies include the Plant Ontology, Plant Trait Ontology, and the Plant Experimental Conditions Ontology developed by the Planteome project, along with the Gene Ontology, Chemical Entities of Biological Interest, Phenotype and Attribute Ontology, and others. The project also provides (...) access to species-specific Crop Ontologies developed by various plant breeding and research communities from around the world. We provide integrated data on plant traits, phenotypes, and gene function and expression from 95 plant taxa, annotated with reference ontology terms. (shrink)

Les noms sous-spécifiés, qui peuvent apparaitre dans une construction spécificationnelle, de la forme Leur ambition a été d’innover, sont par ailleurs souvent des prédicats régissant des arguments, dans une phrase élémentaire de la forme Ils ont eu l’ambition d’innover, où Nss est le prédicat accompagné d’un verbe support et de ses arguments N0 et N1. Nous avons étudié des noms entrant à la fois dans les deux constructions et avec le même sens, et trouvé trois cas de figure. Avec des (...) noms tels que ambition, et ont presque le même sens. Dans d’autres entrées, telles que souvenir et preuve, les deux constructions ne sont pas équivalentes : l’attribut phrastique de est absent de, tandis que l’argument N1 de peut apparaitre comme complément de nom du Nss sujet dans, et spécifie souvent le thème du propos contenu dans l’attribut phrastique de. Enfin, d’autres noms tels que embarras ne sont pas des Nss typiques car l’attribut phrastique de y joue un rôle causal ; il n’a pas le même contenu que N1. Ainsi, dans les types souvenir/preuve et embarras, est à analyser comme une combinaison de plusieurs phrases élémentaires. (shrink)

Comentaba en el Prólogo a la 1ª edición que nos cuesta distinguir las técnicas de los métodos y aceptar que la buena investigación clínica es la que se realiza con método riguroso. Este método reposa en cuatro pilares: que la pregunta o cuestión formulada sea relevante, que esté enunciada de manera precisa y operativa, que sea abordada o respondida con el mejor medio disponible en cada circunstancia, y que evite redundancias o repeticiones de cuestiones que ya han sido examinadas por (...) otros investigadores. Añadía que es imprescindible una dosis de curiosidad y de entusiasmo por lo que se examina. Como se ha dicho con frecuencia, el ensayo clínico es, entre los métodos de investigación clínica, el "patrón oro", el que, gracias a su característica inherente (la distribución aleatoria), está sujeto a menores posibilidades de sesgos. Esta consideración no ha cambiado. Sin embargo, mayor validez interna del método no implica mayor relevancia de los resultados obtenidos. Actualmente es común examinar protocolos de ensayos clínicos bien diseñados, cuyo "único" problema es que pretenden evaluar aspectos de escaso interés farmacológico, terapéutico, epidemiológico o sanitario. ¿Qué interés tiene la evaluación del quinto fármaco de una serie en una indicación para la que ya hay cuatro análogos que le han precedido en su desarrollo? ¿Qué interés tiene la evaluación de un nuevo hipocolesterolemiante o de un nuevo fármaco para la osteoporosis si no se conocen, respectivamente, el impacto de la hipercolesterolemia como factor de riesgo de cardiopatía isquémica o la epidemiología de las fracturas en mujeres postmenopáusicas en nuestro medio? En relación con estos ejemplos, tendría mucho más interés conocer los determinantes epidemiológicos y la historia natural de la cardiopatía isquémica en nuestro medio y conocer la epidemiología de las fracturas "espontáneas" y su impacto sobre la demanda asistencial; para ello serían de mucha utilidad métodos de investigación cuya validez intrínseca podría ser considerada "subóptima" en comparación con el ensayo clínico. En los últimos años ha irrumpido con fuerza en numerosísimas publicaciones el concepto de la "medicina basada en pruebas". Esta moda refleja en parte la importancia que de manera creciente reguladores e industria farmacéutica han concedido a los ensayos clínicos: se ha alcanzado un consenso global sobre la necesidad de demostrar la "eficacia" de los nuevos medicamentos por medio de ensayos clínicos controlados. De este modo, los organismos reguladores y autoridades sanitarias exigen ensayos clínicos como uno de los elementos necesarios para obtener el registro de un nuevo medicamento. Como consecuencia, se realizan y publican muchos más ensayos clínicos que antaño, y actualmente se pueden encontrar ensayos que sustentan la eficacia de la mayoría de los medicamentos disponibles en indicaciones específicas. Si hace unos años bastaba con examinar si había ensayos clínicos que demostraran la eficacia de un determinado medicamento antes de adoptarlo como uno de los de uso común (o de incluirlo en el formulario de un hospital), en la actualidad estas decisiones son más complejas, y se basan sobre todo en una consideración atenta de los objetivos, los métodos y los resultados de cada ensayo o de otros estudios destinados a evaluar eficacia, seguridad, conveniencia o comodidad y coste. Un buen clínico debe saber a la vez leer críticamente las publicaciones científicas y producir información relevante. Leer críticamente significa evaluar la pertinencia de los problemas investigados, los métodos aplicados y la interpretación de los resultados obtenidos. Producir información relevante implica saber identificar los problemas que deben y pueden ser objeto de investigación, formularlos, y ser protagonista (generalmente como parte de un equipo) de la elaboración del plan de investigación. En los últimos años se han publicado varios textos similares al que tiene en sus manos, todos ellos de gran calidad. El presente no pretende ser el más exhaustivo, sino sobre todo interesar a los profesionales sanitarios en el apasionante campo de la investigación clínica, en su sentido más amplio, estimulando la autonomía del lector para investigar un problema o una situación, y para aprender a leer las publicaciones científicas clínicas. Su lectura debe contribuir a que términos como "doble ciego", "p<0,05", "casos y controles", etc. dejen de ser fetiches-misterios, para convertirse en herramientas conceptualmente sencillas, útiles para la evaluación de la actividad asistencial. Esta nueva edición está muy ampliada respecto a la anterior. Se han reorganizado las generalidades sobre los objetivos y métodos de la investigación clínica, se han ampliado algunos aspectos del ensayo clínico, como el análisis de subgrupos, los aspectos estadísticos y éticos y las publicaciones sobre ensayos clínicos, se han añadido cuatro nuevos capítulos, sobre efectividad y eficacia, metaanálisis, ensayos en un solo paciente y farmacoeconomía, y el Glosario ha sido revisado y ampliado (sobre todo con términos de farmacocinética, desarrollo preclínico de fármacos, estadística y biotecnología genética), e incluye casi 750 términos. Para su elaboración me he basado en numerosos textos y diccionarios,a aunque he reformulado la mayoría de las definiciones y he optado por añadir en ocasiones algún comentario personal a muchas de ellas. Carles Vallvé ha escrito el capítulo sobre Normas de Buena Práctica Clínica. Agradezco asimismo las precisones y comentarios de Eulalia Dalmau, Javier Jiménez, Josep Maria Castel y Xavier Vidal, así como los comentarios a versiones anteriores de Fernando Antezana y Jorleny Rojas. Eduard Diogène me sugirió la idea de la portada, El sueño de la razón produce monstruos, que Goya comentaba así: " La fantasía abandonada de la razón produce monstruos imposibles: unida con ella es madre de las artes y origen de sus marabillas" La 1ª edición de este libro, que fue promovida por Zeneca, tuvo una amplia difusión, en España y en América Latina. AstraZeneca me propuso preparar esta 2ª edición del mismo modo abierto que en ocasión de la primera; su actual Director Médico Ramón Estiarte me ha ayudado en la selección de términos para el Glosario. A él y al anterior Director Médico de Zeneca, Manuel Martín, agradezco su idea inicial, su estímulo y ayuda, y las facilidades que han dado para la difusión de este libro. Joan-Ramon Laporte. (shrink)

Identifying the necessary and sufficient conditions for individuating and classifying diseases is a matter of great importance in the fields of law, ethics, epidemiology, and of course, medicine. In this paper, I first propose a means of achieving this goal, ensuring that no two distinct disease-types could correctly be ascribed to the same disease-token. I then posit a metaphysical ontology of diseases—that is, I give an account of what a disease is. This is essential to providing the most effective means (...) of interfering with disease processes. Following existing work in the philosophy of medicine and epidemiology (primarily Christopher Boorse; Caroline Whitbeck; Alexander Broadbent), philosophy of biology (Joseph LaPorte; D.L. Hull), conditional analyses of causation (J.L. Mackie; David Lewis), and recent literature on dispositional essentialism (Stephen Mumford and Rani Anjum; Alexander Bird), I endorse a dispositional conception of disease. Following discussion of various conceptions of disease-identity, their relations to the clinical and pathological effects of the diseases in question, and how diseases are treated, I conclude (i) that diseases should be individuated by their causes, and (ii) that diseases are causal processes best seen as simultaneously acting sequences of mutually manifesting dispositions. (shrink)

de Queiroz (1995), Griffiths (1999) and LaPorte (2004) offer a new version of essentialism called "historical essentialism". According to this version of essentialism, relations of common ancestry are essential features of biological taxa. The main type of argument for this essentialism proposed by Griffiths (1999) and LaPorte (2004) is that the dominant school of classification, cladism, defines biological taxa in terms of common ancestry. The goal of this paper is to show that this argument for historical essentialism is (...) unsatisfactory: cladism does not assume that relations of common ancestry are essential attributes of biological taxa. Therefore, historical essentialism is not justified by cladism. (shrink)

Natural Categories and Human Kinds is a recent and timely contribution to current debate on natural kinds. Because of the growing sophistication of this debate, it is necessary to make careful distinctions in order to appreciate the originality of Khalidi’s position. Khalidi’s view on natural kinds is naturalistic: if we want to know what Nature’s joints really are, we should look at the actual carving job carried out by our best scientific practices. Like LaPorte, Khalidi is a fallibilist: our (...) best scientific theories may be revised or abandoned and so can our current classifications of natural kinds. Unlike LaPorte, however, Khalidi is an anti-essentialist: he argues against the idea that membership in a natural kind is a matter of possessing an essential set of necessary and sufficient properties. Like Dupré, Khalidi is a pluralist and anti-reductionist: he does not believe that there is only one true classification system and that there are natural kinds only at the so-called "fundamental level" of microphysics. Khalidi develops his pluralistic and anti-reductionistic position on the basis of a deep appreciation for the special sciences but, unlike Dupré, he thinks that only the scientific inquiry, which is driven by epistemic purposes, discover natural kinds and that, therefore, there are important differences between scientific and folk classifications. Khalidi’s conception of natural kinds has both an epistemic and a metaphysical component. (shrink)

I offer a concise critique of a recurring line of reasoning advanced by Joseph LaPorte and Samir Okasha that all modern species concepts render the view that biological organisms essentially belong to their species empirically untenable. The argument, I claim, trades on a crucial modal ambiguity that collapses the de re/de dicto distinction. Contra their claim that the continued adherence of such a view on behalf of contemporary metaphysicians stems from the latter’s ignorance of developments in modern biology, the (...) modal ambiguity reveals the need to retrain in modal metaphysics. (shrink)

It is commonly assumed that natural kind terms constitute a distinct semantic category. This idea emerged during the 1970's following Kripke's and Putnam's well-known remarks on natural kind terms. The idea has stayed with us, although it is now recognized that the issues are considerably more complex than initially thought. Thus, it has become clear that much of Kripke's and Putnam's discussions were based on rather simplified views of natural kinds. It also turns out that the semantic issues are less (...) straightforward than assumed - in particular, it is far from clear what it might mean to say that a kind term is rigid. Strikingly, however, these worries have not done much to undermine the confident assumption that natural kind terms form a special semantic category. In the paper I try to shake that confidence. I argue that although natural kind terms are no doubt important (for instance, from an explanatory point of view), we are certainly not warranted in concluding that they form a separate, semantic category among the kind terms. (shrink)