Bio-ontologies are essential tools for accessing and analyzing the rapidly growing pool of plant genomic and phenomic data. Ontologies provide structured vocabularies to support consistent aggregation of data and a semantic framework for automated analyses and reasoning. They are a key component of the Semantic Web. This paper provides background on what bio-ontologies are, why they are relevant to botany, and the principles of ontology development. It includes an overview of ontologies and related resources that are relevant to plant science, (...) with a detailed description of the Plant Ontology (PO). We discuss the challenges of building an ontology that covers all green plants (Viridiplantae). Key results: Ontologies can advance plant science in four keys areas: 1. comparative genetics, genomics, phenomics, and development, 2. taxonomy and systematics, 3. semantic applications and 4. education. Conclusions: Bio-ontologies offer a flexible framework for comparative plant biology, based on common botanical understanding. As genomic and phenomic data become available for more species, we anticipate that the annotation of data with ontology terms will become less centralized, while at the same time, the need for cross-species queries will become more common, causing more researchers in plant science to turn to ontologies. (shrink)

The Planteome project provides a suite of reference and species-specific ontologies for plants and annotations to genes and phenotypes. Ontologies serve as common standards for semantic integration of a large and growing corpus of plant genomics, phenomics and genetics data. The reference ontologies include the Plant Ontology, Plant Trait Ontology, and the Plant Experimental Conditions Ontology developed by the Planteome project, along with the Gene Ontology, Chemical Entities of Biological Interest, Phenotype and Attribute Ontology, and others. The project also provides (...) access to species-specific Crop Ontologies developed by various plant breeding and research communities from around the world. We provide integrated data on plant traits, phenotypes, and gene function and expression from 95 plant taxa, annotated with reference ontology terms. (shrink)

Kirjoitus tarkastelee Martin Heideggerin myöhäisajattelussa esiin nousevaa olemisen ainutkertaisuuden (Einzigkeit, Einmaligkeit) teemaa ja sen edelleenkehittelyä Jean-Luc Nancyn ajattelussa. Teeman osoitetaan kytkeytyvän Heideggerin välienselvittelyyn filosofian esisokraattisen alun, erityisesti Parmenideen ajattelun kanssa. Parmenides ajattelee olemista kaikkia yksittäisiä ilmentymiään, "kuolevaisten" äärellisiä "näkemyksiä" (doksai) yhdistävänä absoluuttisen homogeenisena ja itseidenttisenä ilmeisyytenä (alētheia), todellisuuden puhtaana läsnäolona ajattelulle. Tätä vasten Heidegger ajattelee olemisen nimenomaan yksittäisten ilmentymiensä kontekstuaalisena ainutkertaisuutena, mielekkyystilanteiden ainutkertaistavana kontekstualisoitumisena. Nancy jatkaa ajatusta kuvailemalla olemista "ainutkertaiseksi-monikolliseksi" (singulier pluriel), mutta täydentää Heideggerin ajatteluun tunnetusti jäänyttä aukkoa soveltamalla (...) ajatusta yhteisön ajattelemiseen ainutkertaisuuksien yhdessäolemisena ja keskinäisyytenä. Näin avautuva "ainutkertaisuuden politiikan" teema onkin viime vuosikymmeninä noussut mannermaisen poliittisen ajattelun keskiöön. (shrink)

Artikkeli toimii johdantona Martin Heideggerin suomennettuun teokseen Johdatus metafysiikkaan. Se avaa historiallisia tilanteita, joissa kyseiset luennot alun perin pidettiin (1935) ja julkaistiin (1953). Johdatus metafysiikkaan -luennoista voidaan löytää epäsuora kuvaus Heideggerin suhteesta kansallissosialismiin hänen rehtorikautensa (1933–1934) jälkeisinä vuosina ja ne dokumentoivat myös filosofian olosuhteita ja ehtoja kansallissosialismin aikana. Filosofisesti luennot kiteyttävät Heideggerin Olemisen ja ajan (1927) jälkeisen käänteen (Kehre) ja esittävät ohjelmallisen luonnoksen Heideggerin myöhäisajattelun tärkeimmistä suuntaviivoista.