Current COVID-19 pandemic and previous SARS/MERS outbreaks have caused a series of major crises to global public health. We must integrate the large and exponentially growing amount of heterogeneous coronavirus data to better understand coronaviruses and associated disease mechanisms, in the interest of developing effective and safe vaccines and drugs. Ontologies have emerged to play an important role in standard knowledge and data representation, integration, sharing, and analysis. We have initiated the development of the community-based Coronavirus Infectious Disease Ontology (CIDO). (...) As an Open Biomedical Ontology (OBO) library ontology, CIDO is an open source and interoperable with other existing OBO ontologies. In this article, the general architecture and the design patterns of the CIDO are introduced, CIDO representation of coronaviruses, phenotypes, anti-coronavirus drugs and medical devices (e.g. ventilators) are illustrated, and an application of CIDO implemented to identify repurposable drug candidates for effective and safe COVID-19 treatment is presented. (shrink)

Ontologies, as the term is used in informatics, are structured vocabularies comprised of human- and computer-interpretable terms and relations that represent entities and relationships. Within informatics fields, ontologies play an important role in knowledge and data standardization, representation, integra- tion, sharing and analysis. They have also become a foundation of artificial intelligence (AI) research. In what follows, we outline the Coronavirus Infectious Disease Ontology (CIDO), which covers multiple areas in the domain of coronavirus diseases, including etiology, transmission, epidemiology, pathogenesis, diagnosis, (...) prevention, and treatment. We emphasize CIDO development relevant to COVID-19. (shrink)

I sitt berömda bevis för tidens overklighet påstod McTaggart att det sätt händelser tycks skifta position i tiden från framtid till nutid och till förfluten tid, innebär en motsägelse. Vad McTaggart egentligen menade har varit föremål för en livlig debatt ända sedan beviset först publicerades 1908. Beviset består av två delar. I den första argumenterar McTaggart för att ingenting kan förändras förutom genom att övergå från framtid till förfluten tid. I den andra argumenterar han för att en sådan övergång innebär (...) en motsägelse och att det därför inte kan finnas någon förändring överhuvudtaget, vilket i sin tur innebär att det heller inte finns någon tid. De flesta filosofer är i dag eniga om att McTaggart har fel, men oeniga om på vilket sätt han har fel. Olika filosofer förkastar olika delar av beviset, beroende på om de har vad som kallas en A- eller B-uppfattning av tiden. De som har en A-uppfattning förnekar att tid förstådd som övergång från framtid till förfluten tid är motsägelsefull. De som har en B-uppfattning förnekar att en övergång från framtid till förfluten tid är nödvändig för förändring, men håller med om att sådan övergång är motsägelsefull. Det är min uppfattning att denna oenighet beror på att McTaggarts argument från första början blivit missuppfattat, av både A- och B-teoretiker. Av någon anledning har det alltid betraktats som ett självständigt argument, ett som är oberoende av det ontologiska system McTaggart förespråkade. Jag föreslår ett nytt sätt att förstå hur han menade att tiden är motsägelsefull. Ett sätt som tar hans ontologiska system som utgångspunkt. (shrink)

Det är min uppfattning att tabellen över avsiktlighet (rationalitet, medvetande, sinne, tanke, språk, personlighet etc.) som har framträdande här beskriver mer eller mindre exakt, eller åtminstone fungerar som en heuristisk för, hur vi tänker och beter sig, och så det omfattar inte bara filosofi och psykologi, men allt annat (historia, litteratur, matematik, politik etc.). Observera särskilt att avsiktlighet och rationalitet som jag (tillsammans med Searle, Wittgenstein och andra) visa det, omfattar både medvetna deliberative språkliga System 2 och omedvetna automatiserade prelinguistiska (...) System 1 åtgärder eller reflexer. Jag ger en kritisk undersökning av några av de viktigaste resultaten av två av de mest framstående studenter beteende i modern tid, Ludwig Wittgenstein och John Searle, om den logiska strukturen av avsiktlighet (sinne, språk, medvetande, beteende), med som min utgångspunkt Wittgenstein grundläggande upptäckt, att alla verkligt "filosofiska" problem är desamma-förvirring om hur man använder språket i ett visst sammanhang, och så alla lösningar är desamma, titta på hur språket kan användas i det aktuella sammanhanget så att dess sanningsvillkor (Villkor för tillfredsställelse eller COS) är tydliga. Det grundläggande problemet är att man kan säga vad som helst, men man kan inte betyda (ange tydliga COS för) någon godtycklig yttrande och mening är endast möjligt i ett mycket specifikt sammanhang. Jag analyserar olika skrifter av och om dem från det moderna perspektivet av de två tankesystemen (populariserades som "tänkande snabbt, tänkande långsamt"), med en ny tabell över avsiktlighet och nya dubbla system nomenklatur. Jag visar att detta är en kraftfull heuristisk för att beskriva beteende. Således är allt beteende intimt ansluten om man tar rätt synvinkel. Den fenomenologiska Illusion (glömska till vårt automatiserade System 1) är universell och sträcker sig inte bara hela filosofin utan hela livet. Jag är säker på att Chomsky, Obama, Zuckerberg och påven skulle vara skeptiska om berättade att de lider av samma problem som Hegel, Husserl och Heidegger, (eller att de skiljer sig endast i grad från drog-och sexmissbrukare i att motiveras av stimulering av deras frontalkortices genom leverans av dopamin (och över 100 andra kemikalier) via ventrala tegmentum och nukleos accumbens), men det är helt klart sant. Medan fenomenologerna bara slösat bort en hel del människors tid, slösar de bort jorden och deras ättlings framtid. (shrink)

Det är min uppfattning att tabellen över avsiktlighet (rationalitet, medvetande, sinne, tanke, språk, personlighet etc.) som har framträdande här beskriver mer eller mindre exakt, eller åtminstone fungerar som en heuristisk för, hur vi tänker och beter sig, och så det omfattar inte bara filosofi och psykologi, men allt annat (historia, litteratur, matematik, politik etc.). Observera särskilt att avsiktlighet och rationalitet som jag (tillsammans med Searle, Wittgenstein och andra) visa det, omfattar både medvetna deliberative språkliga System 2 och omedvetna automatiserade prelinguistiska (...) System 1 åtgärder eller reflexer. Jag ger en kritisk undersökning av några av de viktigaste resultaten av två av de mest framstående studenter beteende i modern tid, Ludwig Wittgenstein och John Searle, om den logiska strukturen av avsiktlighet (sinne, språk, medvetande, beteende), med som min utgångspunkt Wittgenstein grundläggande upptäckt, att alla verkligt "filosofiska" problem är desamma-förvirring om hur man använder språket i ett visst sammanhang, och så alla lösningar är desamma, titta på hur språket kan användas i det aktuella sammanhanget så att dess sanningsvillkor (Villkor för tillfredsställelse eller COS) är tydliga. Det grundläggande problemet är att man kan säga vad som helst, men man kan inte betyda (ange tydliga COS för) någon godtycklig yttrande och mening är endast möjligt i ett mycket specifikt sammanhang. Jag analyserar olika skrifter av och om dem från det moderna perspektivet av de två tankesystemen (populariserades som "tänkande snabbt, tänkande långsamt"), med en ny tabell över avsiktlighet och nya dubbla system nomenklatur. Jag visar att detta är en kraftfull heuristisk för att beskriva beteende. Således är allt beteende intimt ansluten om man tar rätt synvinkel. Den fenomenologiska Illusion (glömska till vårt automatiserade System 1) är universell och sträcker sig inte bara hela filosofin utan hela livet. Jag är säker på att Chomsky, Obama, Zuckerberg och påven skulle vara skeptiska om berättade att de lider av samma problem som Hegel, Husserl och Heidegger, (eller att de skiljer sig endast i grad från drog-och sexmissbrukare i att motiveras av stimulering av deras frontalkortices genom leverans av dopamin (och över 100 andra kemikalier) via ventrala tegmentum och nukleos accumbens), men det är helt klart sant. Medan fenomenologerna bara slösat bort en hel del människors tid, slösar de bort jorden och deras ättlings framtid. (shrink)

I årtusenden har människan försökt definiera livet – hur levande djur och växter skiljer sig från död materia. Problemet är dock att livet är mångfacetterat, och varje regel har sitt undantag. Vi försöker möta kommande utmaningar med nya livsformer, genom att lyfta fram en ny definition av liv.

I detta dokument ger jag mina teorier, idéer och förklaringar till hur jag tror att medvetandet fungerar, vad det är och varför vi har det. Enligt mig är alla levande varelser bara biologiska maskiner, skulpterade av evolutionen för att bli så anpassad som möjligt till den miljö som de befinner sig i. Allt fungerar på ett speciellt sätt, det går att förklaras och förstås, det finns ingen magi, och medvetandet är inget undantag, det finns där av en anledning.

Årets Hägerströmföreläsningar i Uppsala gavs i februari av den norske filosofen Dagfinn Føllesdal. Ämnet var "Mening og Erfaring". Dagfinn Føllesdal doktorerade 1961 vid Harvard med Willard Van Quine som handledare på en avhandling om kvantifierad modallogik. Han blev internationellt känd främst för studier om Husserls fenomenologi och dess förhållande till Frege samt för sina arbeten om Quines språkfilosofi. Allt sedan 60-talet har Føllesdal delat sin tid mellan Oslouniversitetet och Stanforduniversitetet i Kalifornien. I sina föreläsningar diskuterade Føllesdal meningsbegreppet med anknytning till (...) teorier formulerade av sådana tidigare Hägerströmföreläsare som Quine, Davidson och Kripke. En utgångspunkt för framställningen var Quines empiristiska syn på språket: Allt vi kan lära om omvärlden och varandra, inklusive språket, är grundat på socialt tillgänglig evidens. Enligt Quines uppfattning är språket väsentligen ett socialt fenomen. Detta innebär att: (i) språket har blivit till genom en social process; (ii) individens inlärning av språket sker på basen av socialt tillgänglig information; och (iii) användningen av språket är en social process. Den centrala frågeställningen som diskuterades i föreläsningarna var: Hur skall vi utifrån en empiristisk syn på språket förstå mening och kommunikation? Quine var den förste att på ett helt explicit sätt formulera denna problemställning. (shrink)

Om människan någon gång kommer att få förmågan att skapa nya livsformer, hur kommer det att påverka livets värde? Detta är en fråga som kan vara en källa till oro när man diskuterar konstgjort liv, men är oron befogad? I ett försök att svara på den frågan kommer jag att gå igenom några möjliga skäl till varför förmågan att skapa konstgjort liv skulle hota livets värde, och se om de verkligen ger oss skäl att oroa oss.