The Infectious Disease Ontology (IDO) is a suite of interoperable ontology modules that aims to provide coverage of all aspects of the infectious disease domain, including biomedical research, clinical care, and public health. IDO Core is designed to be a disease and pathogen neutral ontology, covering just those types of entities and relations that are relevant to infectious diseases generally. IDO Core is then extended by a collection of ontology modules focusing on specific diseases and pathogens. In this paper we (...) present applications of IDO Core within various areas of infectious disease research, together with an overview of all IDO extension ontologies and the methodology on the basis of which they are built. We also survey recent developments involving IDO, including the creation of IDO Virus; the Coronaviruses Infectious Disease Ontology (CIDO); and an extension of CIDO focused on COVID-19 (IDO-CovID-19).We also discuss how these ontologies might assist in information-driven efforts to deal with the ongoing COVID-19 pandemic, to accelerate data discovery in the early stages of future pandemics, and to promote reproducibility of infectious disease research. (shrink)

A repository of clinically associated Staphylococcus aureus (Sa) isolates is used to semi‐automatically generate a set of application ontologies for specific subfamilies of Sa‐related disease. Each such application ontology is compatible with the Infectious Disease Ontology (IDO) and uses resources from the Open Biomedical Ontology (OBO) Foundry. The set of application ontologies forms a lattice structure beneath the IDO‐Core and IDO‐extension reference ontologies. We show how this lattice can be used to define a strategy for the construction of a new (...) taxonomy of infectious disease incorporating genetic, molecular, and clinical data. We also outline how faceted browsing and query of annotated data is supported using a lattice application ontology. (shrink)

The COVID-19 pandemic prompted immense work on the investigation of the SARS-CoV-2 virus. Rapid, accurate, and consistent interpretation of generated data is thereby of fundamental concern. Ontologies––structured, controlled, vocabularies––are designed to support consistency of interpretation, and thereby to prevent the development of data silos. This paper describes how ontologies are serving this purpose in the COVID-19 research domain, by following principles of the Open Biological and Biomedical Ontology (OBO) Foundry and by reusing existing ontologies such as the Infectious Disease Ontology (...) (IDO) Core, which provides terminological content common to investigations of all infectious diseases. We report here on the development of an IDO extension, the Virus Infectious Disease Ontology (VIDO), a reference ontology covering viral infectious diseases. We motivate term and definition choices, showcase reuse of terms from existing OBO ontologies, illustrate how ontological decisions were motivated by relevant life science research, and connect VIDO to the Coronavirus Infectious Disease Ontology (CIDO). We next use terms from these ontologies to annotate selections from life science research on SARS-CoV-2, highlighting how ontologies employing a common upper-level vocabulary may be seamlessly interwoven. Finally, we outline future work, including bacteria and fungus infectious disease reference ontologies currently under development, then cite uses of VIDO and CIDO in host-pathogen data analytics, electronic health record annotation, and ontology conflict-resolution projects. (shrink)

This paper addresses a family of issues surrounding the biological phenomenon of resistance and its representation in realist ontologies. The treatments of resistance terms in various existing ontologies are examined and found to be either overly narrow, internally inconsistent, or otherwise problematic. We propose a more coherent characterization of resistance in terms of what we shall call blocking dispositions, which are collections of mutually coordinated dispositions which are of such a sort that they cannot undergo simultaneous realization within a single (...) bearer. A definition of ‘protective resistance’ is proposed for use in the Infectious Disease Ontology (IDO) and we show how this definition can be used to characterize the antibiotic resistance in Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA). The ontological relations between entities in our MRSA case study are used alongside a series of logical inference rules to illustrate logical reasoning about resistance. A description logic representation of blocking dispositions is also provided. We demonstrate that our characterization of resistance is sufficiently general to cover two other cases of resistance in the infectious disease domain involving HIV and malaria. (shrink)

The Center for Disease Control and Prevention’s Active Bacterial Core Surveillance (CDC ABCs) Program is a collaborative effort betweeen the CDC, state health departments, laboratories, and universities to track invasive bacterial pathogens of particular importance to public health [1]. The year-end surveillance reports produced by this program help to shape public policy and coordinate responses to emerging infectious diseases over time. The ABCs case report form (CRF) data represents an excellent opportunity for data reuse beyond the original surveillance purposes.

The Cell Ontology (CL) is designed to provide a standardized representation of cell types for data annotation. Currently, the CL employs multiple is_a relations, defining cell types in terms of histological, functional, and lineage properties, and the majority of definitions are written with sufficient generality to hold across multiple species. This approach limits the CL’s utility for cross-species data integration. To address this problem, we developed a method for the ontological representation of cells and applied this method to develop a (...) dendritic cell ontology (DC-CL). DC-CL subtypes are delineated on the basis of surface protein expression, systematically including both species-general and species-specific types and optimizing DC-CL for the analysis of flow cytometry data. This approach brings benefits in the form of increased accuracy, support for reasoning, and interoperability with other ontology resources. 104. Barry Smith, “Toward a Realistic Science of Environments”, Ecological Psychology, 2009, 21 (2), April-June, 121-130. Abstract: The perceptual psychologist J. J. Gibson embraces a radically externalistic view of mind and action. We have, for Gibson, not a Cartesian mind or soul, with its interior theater of contents and the consequent problem of explaining how this mind or soul and its psychological environment can succeed in grasping physical objects external to itself. Rather, we have a perceiving, acting organism, whose perceptions and actions are always already tuned to the parts and moments, the things and surfaces, of its external environment. We describe how on this basis Gibson sought to develop a realist science of environments which will be ‘consistent with physics, mechanics, optics, acoustics, and chemistry’. (shrink)

Este artigo procura analisar algumas das principais ideias abordadas no encontro anual promovido pela “American Association for the Advancement of Sciencie” em Boston (EUA) em 1953. Parte do encontro foi para abordar sobre o estado atual da concepção operacional de significado desenvolvida por Percy W. Bridgman a partir de 1927. As principais ideias tratadas no encontro foram posteriormente publicadas pela revista “The Scientific Montly” em 1954-1955 e republicadas no capítulo 2 do livro “The validation of scientific theories” (1961), editado por (...) Philipp Frank. A obra de 1961 será utilizada aqui como referência para as citações. Os autores dos capítulos são Henry Margenau, Gustav Bergmann, Carl G. Hempel, R. B. Lindsay, Raymond J. Sieger, Adolf Gründbaun, além do artigo do próprio Percy Bridgman. Este debate surgiu a mais de 20 anos depois da publicação da primeira obra de Bridgman, a saber, “The Logic of Modern Physics” (1927), onde ele apresenta pela primeira vez sua concepção de significado dos conceitos científicos baseada em procedimentos operacionais. A obra de 1927 trouxe os debates sobre a importância da linguagem científica e da correspondência empírica, uma questão pertinente na filosofia da ciência da época inflacionada pela filosofia da ciência do empirismo lógico. Os debates do encontro tiveram como objetivo apresentar questionamentos e fazer exposições gerais sobre a forma como a concepção operacional pode ser interpretada por cientistas e filósofos da época, seja em seus elementos favoráveis na ciência, enquanto resolvendo questões pertinentes para cientistas e filósofos da ciência, seja por mostrar também as limitações da concepção operacional através dos questionamentos dirigidos a ela. Ressaltamos a importância deste debate na época e nos dias atuais. Temos aqui um material que pode servir de direcionamento histórico e de debate filosófico para algumas das questões pertinentes dos filósofos da ciência da época. (shrink)

UNIVERSIDADE FEDERAL RURAL DE PERNAMBUCO DEPARTAMENTO DE ZOOTECNIA – 50 ANOS EMANUEL ISAQUE CORDEIRO DA SILVA REPRODUÇÃO ANIMAL: OVULAÇÃO, CONTROLE E SINCRONIZAÇÃO -/- REPRODUÇÃO ANIMAL: OVULAÇÃO, CONTROLE E SINCRONIZAÇÃO DO CICLO ESTRAL -/- ANIMAL REPRODUCTION: OVULATION, CONTROL AND SYNCHRONIZATION OF THE ESTRAL CYCLE -/- Autor: Emanuel Isaque Cordeiro da Silva – IFPE-BJ/CAP-UFPE/EEFCC-BJ/UFRPE 1. INTRODUÇÃO As fêmeas dos animais domésticos possuem em seus ovários, desde praticamente o nascimento, a dotação completa de gametas dos quais vão dispor para o resto de sua (...) vida. No entanto, terão que esperar até a puberdade para que se produza a evolução completa dos folículos (foliculogênese) que darão como resultado as primeiras ovulações. Este momento caracteriza-se, por um lado, pelo início gradual da secreção por parte da hipófise de quantidades importantes de hormonas gonadotropinas (hormonas folículo estimulante «FSH» e sobretudo luteinizante «LH»); por outro lado, pelo aumento da capacidade dos seus ovários para responder a estas secreções. A partir daí, o aparelho reprodutor feminino das fêmeas domésticas deve apresentar, durante todo o período de atividade sexual, alterações morfológicas, endócrinas e fisiológicas, que devem ser repetidas sequencialmente e periodicamente, consoante com a duração e a frequência do ciclo estral característico de cada espécie animal, assegurando assim a liberação de um ou mais ovócitos férteis nos ciclos estrais correspondentes. -/- 2. EVOLUÇÃO DO OVÓCITO E DOS FOLÍCULOS OVÁRICOS O ovário constitui um órgão de armazenamento de ovócitos formados durante a vida fetal ou após o nascimento, os quais permanecerão «latentes», num estado de imaturidade, paralisando a sua atividade de desenvolvimento e crescimento após o processo de mitose pelo qual as células germinativas ou ovogonias evoluem para ovócitos primários. Estes ovócitos devem ser rodeados por células foliculares para alcançar sua maturação e posterior ovulação, constituindo-se, desta maneira, os folículos. Estes últimos, que se localizam no parênquima ovárico, sofrem uma série de mudanças evolutivas que os fazem passar de folículos primordiais (constituídos por um ovócito rodeado de células planas) a folículos maduros ou de Graaf, passando pelos estágios primário, secundário e terciários. A estrutura do ovário e a terminologia correspondente, bem como a sua fisiologia, já foram tratados em trabalhos anteriores. Basicamente, o folículo maduro ou de Graaf, que ressalta já na superfície ovariana como se tratasse de uma pequena vesícula cheia de líquido, encontra-se constituído, no caso dos mamíferos, pelas tecas externa e interna, a folha basal, o ovócito e o seu núcleo ou vesícula germinativa e um acúmulo de células da granulosa chamado cumulus. O antro-folicular ou cavidade intrafolicular formada durante o estágio de folículo terciário possui no seu interior um líquido cuja composição provém do plasma sanguíneo. Por outro lado, o ovócito, que desde a constituição da reserva de folículos primordiais se encontrava em estado de ovócito primário, começa a aumentar de volume (durante a fase de evolução do folículo terciário a folículo maduro) e a cobrir-se de uma membrana celular denominada zona pelúcida. Nos momentos que precedem imediatamente à ovulação reativa-se a meiose, liberando-se o primeiro corpúsculo polar e convertendo-se o ovócito em secundário. Produzida a ovulação retoma-se de novo a meiose, que tinha permanecido em repouso, e depois de ocorrer a fecundação libera-se o segundo corpúsculo polar, passando a ser uma ovotida ou óvulo maduro. -/- 3. A OVULAÇÃO Acabado o crescimento, o folículo maduro ou de Graaf é capaz de responder à descarga pré-ovulatória de gonadotropinas (LH e em menor medida FSH) de tal forma que se produza uma reestruturação completa do mesmo e a subsequente liberação de um ovócito fértil através de um pequeno orifício (estigma) produzido no ponto de ruptura da sua parede celular e das camadas celulares mais superficiais do córtex ovárico, cuja espessura, neste momento, é muito reduzida. No momento da ovulação tanto o líquido folicular como o ovócito são projetados, entre outras causas, pela contração da musculatura lisa que rodeia os folículos para a cavidade peritoneal caindo perto das fimbrias do oviduto ou trompas de Falópio. Esta expulsão, no caso das vacas e ovelhas, ocorre sob a forma de um fluxo fluido, enquanto na coelha ocorre sob a forma de um jato súbito ou de um processo explosivo. No caso da égua, a estrutura dos seus ovários difere das outras fêmeas domésticas, no sentido em que a zona vascular se localiza superficialmente e os folículos se distribuem no interior do ovário. Ao mesmo tempo, a ovulação ocorre unicamente num determinado ponto denominado fossa de ovulação. Por tudo isso, durante a foliculogênese, os folículos vão migrando para a fossa de ovulação, chegando em algumas ocasiões a ficarem presos no interior do ovário, não conseguindo desenvolver-se nem evolucionar (folículo cístico) e que, ao apresentar uma secreção contínua de estrogênios, produz na fêmea um estado de cio permanente ou ninfomania. Nas espécies cuja ovulação é espontânea, o processo supra ocorre periódica e sequencialmente em todos os ciclos estrais com um intervalo conhecido a partir do início do estro ou, no caso da vaca, após o término deste (tabela 1). Por outro lado, nas espécies de ovulação induzida (coelha, gata e fêmeas de furão e camelo) esta ocorre pouco depois de realizado o coito. Nestas espécies, o estímulo coital, favorecido pelas espículas localizadas no pênis do macho, determina por via eferente nervosa a liberação hipotalâmica de GnRH, que em poucos minutos depois provoca a secreção adeno-hepática de LH, que por via sistêmica alcança os folículos, desencadeando os processos fisiológicos que conduzem à ovulação. Tabela 1: Parâmetros que definem o ciclo sexual e tipo de ovulação de algumas espécies domésticas (adaptado e elaborado a partir de DUKES, et. al. 1996). -/- Espécie Duração do ciclo estral Atividade sexual Tipo de ovulação E/I N° de ovócitos Duração do estro Momento da ovulação Vaca 21 dias Poliéstrica contínua E 1 18 horas 11 horas após o final do estro Ovelha 17 dias Poliéstrica estacional E 1-3 29 horas Ao final do estro Porca 21 dias Poliéstrica contínua E 11-24 45 horas 24-36 horas do começo do estro Égua 21 dias Poliéstrica estacional E 1 6 dias 24-48 horas antes do final do cio Cabra 20 dias Poliéstrica estacional E 1-3 40 horas 33 horas do começo do estro Cadela 9 dias Monoéstrica a cada 4-8 E — 7-9 dias 3-4 dias do começo do estro Gata 5 dias Poliéstrica estacional I 3-4 4 dias 27 horas postcoito Coelha 16 dias Poliéstrica I 4-12 Não definida 10 horas postcoito -/- Dado que a vida fértil dos ovócitos, uma vez produzida a ovulação, raramente ultrapassa as 10-12 horas, é importante, sobretudo quando se realiza inseminação artificial ou monta dirigida, determinar, a partir da presença dos sintomas de cio, o período de tempo durante o qual a fertilização numa exploração específica será efetuada, evitando-se assim uma redução da fecundidade. 3.1 Ovulação simples e múltipla Em algumas ocasiões, dependendo da espécie (ver tab. 1), são vários os folículos que apresentam uma evolução completa, chegando a possuir nas células da granulosa receptores de LH, com o qual realiza-se a descarga ovulante de gonadotropinas e produz-se uma ovulação múltipla ou multiovulação, sendo, neste caso, libertados vários ovócitos férteis. No esquema abaixo, observa-se os processos de recrutamento, seleção e dominação da espécie ovina, a partir dos quais um ou vários folículos em crescimento chegam a ovular, bem como a influência das gonadotropinas FSH e LH em cada uma destas fases. Independentemente da influência genética, manifestada pelas diferenças entre espécies, raças e mesmo estirpes, os processos que determinam que entre um grupo de folículos em crescimento sejam um ou vários deles que cheguem a ovular englobam-se sob os termos de recrutamento, seleção e dominação folicular (fig. 1). -/- Figura 1. Recrutamento, seleção e dominação folicular na espécie ovina e influência do FSH e LH nas fases. SILVA, 2019. O recrutamento é definido como a entrada em crescimento terminal de um grupo de folículos gonadodependentes, ou seja, que dentre os folículos em crescimento que existem no reservatório ovariano iniciarão seu crescimento terminal aqueles que possuem receptores à FSH (a partir do estágio primário já os possuem) e tenham igualmente atingido um tamanho determinado, que varia entre as diferentes espécies (2 mm Ø em ovelhas). Geralmente o número de folículos recrutados é duas ou três vezes superior ao número de folículos ovulados. O recrutamento no caso da ovelha ocorre três dias antes da ovulação sob a regressão do corpo lúteo e aumento de FSH. A seleção é caracterizada porque entre os folículos recrutados um ou vários folículos continuam a aumentar de tamanho, enquanto o resto se torna atrésico. No caso da ovelha, o tamanho do folículo no momento da seleção corresponde ao tamanho em que aparecem os receptores de LH sobre a granulosa (folículo terciário) ou quando, como se verá posteriormente, a aromatização de andrógenos em estrogênios é máxima. Por outro lado, a produção de inibina (hormônio gonodal não esteroide) é igualmente elevada. A interação destes dois fatores de retroalimentação (estrogénios e inibina) para a secreção de FSH provoca uma redução dos níveis desta hormona, facilitando a seleção: neste contexto, verificou-se que a injeção de FSH em ovinos bloqueia a seleção produzindo, com efeito, uma multiovulação. No caso da vaca, poderia existir um segundo mecanismo regulador: o folículo maior poderia secretar, em um momento da seleção, um composto de ação parácrina, diminuindo a resposta de outros folículos à ação dos níveis existentes de FSH. A dominância que produz os folículos selecionados está associada com a regressão ou atresia de outros folículos recrutados e com a inibição do recrutamento de novos folículos. Embora os níveis de FSH diminuam, os folículos dominantes persistem porque reduzem suas necessidades em FSH. Esta adaptação a meios mais pobres em FSH poderia explicar-se, entre outras causas, pela ampliação da resposta a esses níveis baixos em FSH graças à produção de IGFI (Insulin Like Growth Factor l), no caso da ovelha, pelo folículo dominante. O IGFI estimula a aromatização dos androgênios em estrogênios e, por sua vez, o estradiol estimula a produção de IGFI nas células granulosas, tornando-a ao mesmo tempo mais sensível ao IGFI. Este laço formado pelo estradiol e IGFI pode desempenhar um papel importante na produção do folículo dominante do estradiol. -/- 4. MECANISMOS NEUROENDÓCRINOS QUE CONDUZEM À OVULAÇÃO A ovulação, propriamente dita, pode ser um bom ponto de partida para explicar os mecanismos neuroendócrinos que se sucedem para alcançar, no próximo ciclo estral, uma nova ovulação. Imediatamente após a ocorrência da ovulação, forma-se um coágulo de sangue no interior do folículo em consequência da hemorragia causada pela ruptura celular (folículo hemorrágico) e que servirá de substrato para o crescimento das células granulosas. Em seguida, as células da granulosa hipertrofiam e proliferam rapidamente, acumulando lipídios e pigmentos carotenoides (luteína) que lhe conferem uma cor amarelada (corpo lúteo). Esta estrutura formada, sob a ação do LH e também da prolactina, começa a produzir progesterona, a qual além de preparar o aparelho reprodutor para uma possível gestação inibe, a nível da hipófise, a secreção cíclica de LH, impedindo assim novas ovulações. À medida que os níveis de progesterona diminuem devido à regressão do corpo lúteo sob a ação da PGF2a (prostaglandina 2a), vários folículos começam seu crescimento sob a ação dos níveis de FSH (cada vez maiores), atingindo o seu crescimento final na fase folicular. Alcançado o estado de terciário, as células da teca interna do folículo, estimuladas pela secreção tônica do LH liberada pela hipófise em pequenas ondas (sem chegar a atingir a quantidade que provoca a ovulação), sintetizam a partir do colesterol, passando por alguns passos intermediários, testosterona, que é depois aromatizada a estradiol sob a ação do FSH pelas células da granulosa (fig. 2). A prolactina, juntamente com o FSH, também influencia o crescimento e a maturação dos folículos, bem como a produção de estrogênios. À medida que avança o crescimento e maturação dos folículos, a concentração de estradiol aumenta (os folículos que em um momento da evolução se tornam atrésicos aportam também uma quantidade importante de estradiol), sendo máxima nos momentos imediatos à ovulação (fig. 3). Este aumento, sustentado na taxa circulante de estrogênios, é a responsável pelo aparecimento do cio nas fêmeas, cujo final, geralmente, exerce um efeito feedback positivo sobre o eixo hipotálamo-hipofisário induzindo o pico pré-ovulatório de LH (e também FSH), que conduz a nova ovulação. Figura 2. Processo de aromatização dos andrógenos em estrógenos. (Adaptado e elaborado a partir de ILLERA, 1994). -/- Figura 3. Crescimento prático folicular, e níveis de progesterona e 17 estradiol (a) e FSH e LH (b), durante o ciclo estral da ovelha. (Elaborado a partir de DURÁN DEL CAMPO, 1980). Nota importante: a ovulação em algumas espécies não é acompanhada do cio (ovulações silentes ou silenciosas), sobretudo nas primeiras ovulações da puberdade e após o anestro estacionário, devido a produção nula da estimulação prévia da progesterona. Embora citado anteriormente que o crescimento folicular começa no final da fase lútea no caso da vaca, a ovelha e a égua, a população de folículos ovulatórios se renova ao longo do ciclo estral, produzindo-se um crescimento e regressão dos folículos, denominado onda folicular. Nestas ondas, que também podem ocorrer durante o período pré-púbere, anestro estacionário e pós-parto, os folículos são receptores à descarga de LH, no entanto, a sua capacidade de produzir estradiol é muito limitada devido a uma deficiência de precursores em tecas ou a uma inadequação da aromatização dos androgênios em estrogênios, com o qual não se atinge a quantidade de estrogênios necessários para produzir a ativação nervosa necessária para a liberação cíclica de LH. Do ponto de vista prático, o conhecimento dos mecanismos neuroendócrinos que se sucedem durante o ciclo estral e que conduzem à ovulação, bem como a sua possível regulação mediante técnicas culturais ou tratamentos hormonais, é de vital importância quando o que se pretende é realizar um controle e sincronização tanto do cio quanto da ovulação. -/- 5. ALTERAÇÕES MORFOLÓGICAS ASSOCIADAS À OVULAÇÃO Nos momentos prévios à ovulação, o folículo ovulatório experimenta uma série de mudanças morfológicas e histológicas regulamentadas endocrinamente e cuja finalidade será a modificação da estrutura do folículo, facilitando a liberação do ovócito fértil. Logo após a descarga pré-ovulatória, ocorre um aumento do fluxo sanguíneo associado a um acúmulo de sangue que dependerá, entre outros, da prostaglandina E2 (PGF2) secretada pelas células granulosas. A teca externa é edemaciada pela difusão do plasma sanguíneo e o volume do antro folicular aumenta pela atração de água exercida pelo ácido hialurônico secretado pelas células do cumulus sob a ação do FSH/LH. Este aumento de volume é facilitado pela dissociação dos feixes de fibras de colágeno da teca externa e da túnica albugínea sob a ação de duas enzimas: a colagenase e a plasmina. A plasmina age em primeiro lugar e aparece como resultado da produção de ativadores do plasminogênio pelas células da granulosa e do cumulus; sua atividade é máxima no ápice do folículo dissociando a matriz proteica dos feixes de fibras de colágeno e ativando o precursor da colagenase. Além disso, a atividade da colagenase é máxima no momento da ruptura do folículo. A maioria das células da granulosa que estão fixadas na lâmina basal se soltam, perdem sua união em colônia e deixam de se dividir (fig. 4). As ligações que as ligavam desaparecem, mas a sua dissociação não é completa devido, provavelmente, à produção local de inibidores da colagenase. As células do cumulus sofrem as mesmas transformações, mas a sua dissociação é total porque estas secretam ácido hialurônico. No entanto, as células que asseguraram, desde o início do crescimento folicular, a ligação entre a granulosa e o ovócito permanecem durante um período mais ou menos longo, ligadas à coroa radiada. Figura 4. Estado de um folículo pouco antes da ovulação. DRIANCOURT, et al. 1991. Pouco antes da ovulação, a lâmina basal desaparece de seu lugar, ocorre uma individualização dos vasos sanguíneos e as células da teca interna penetram no folículo. No ápice do folículo, produz-se uma deficiência na irrigação sanguínea e, portanto, de oxigênio, o que faz com que as células do epitélio ovariano morram. As hidrolases, que nesse momento são liberadas, contribuem para a destruição completa dos tecidos subjacentes. Em definitivo, é o conjunto de fatos comentado supra que conduzem à ruptura do ápice do folículo e provocam um aumento da pressão hidrostática que se traduz em uma contração do folículo expulsando o ovócito e as células da coroa radiada. -/- 6. CONTROLE, SINCRONIZAÇÃO E INDUÇÃO DA OVULAÇÃO 6.1 Introdução O controle e a sincronização da ovulação se situa dentro de um contexto muito mais amplo como é o controle da reprodução, entendendo como tal o governo dos elementos manipuláveis do processo reprodutivo. No âmbito do controle da reprodução, existem muitos objetivos, entre os quais a indução da puberdade, a cobertura em época de anestro, aumento da prolificidade, entre outras. Além disso, o controle da reprodução é necessário para a utilização de determinadas técnicas, como a inseminação artificial ou a transferência de embriões. Com efeito, e consoante com o objetivo pretendido, poderão ser utilizadas diferentes técnicas e métodos, tais como os tratamentos hormonais, o efeito macho, a alimentação (Flushing) e os cruzamentos, tudo isso, por sua vez, empregado nos esquemas de seleção. Neste sentido e como passo prévio à sincronização e indução da ovulação, em muitas ocasiões se realiza também um controle e sincronização do cio. Este último, além de permitir que o criador regule o momento do estro e da cobrição, podendo em algumas espécies suprimir o anestro estacionário, permite que os animais se agrupem em lotes homogêneos e assim poder alimentá-los com as dietas adequadas segundo o estado de gestação, atender os partos e assim diminuir a mortalidade neonatal, programar os desmames e engordar os animais para, por fim, vender os animais por lotes. Na sincronização do cio o que se pretende é atuar sobre o intervalo entre a fase folicular e a fase luteica, modificando, portanto, a duração do ciclo estral (fig. 5). Figura 5. Representação dos métodos de sincronização do ciclo estral: (a) duração normal das fases luteica e folicular: (b) fase luteica cortada: (c) extensão da fase luteica. HUNTER, 1987. Para alcançar esse objetivo, os criadores podem adotar dois métodos: a) Induzindo a regressão do corpo lúteo de um grupo de animais de forma que todos eles iniciem a fase folicular e apresentem o cio num espaço de tempo bastante semelhante (injeções de prostaglandinas) (fig. 5b). b) Alargando artificialmente, através de um bloqueio hormonal, a fase luteica de tal modo que, ao cessar esse bloqueio e injetar-lhes gonadotropinas exógenas, os animais iniciem conjuntamente uma fase folicular seguida de um cio sincronizado (injeções de progesterona, implantes de progesterona ou progestágenos, esponjas vaginais impregnadas de progestágenos) (fig. 5c). 6.2 Objetivos e fundamentos Os tratamentos de controle e sincronização da ovulação têm por objetivo tentar regular, por um lado, o momento exato da ovulação, e por outro, o número de folículos que possam chegar a liberar ovócitos férteis, ao qual pode-se conseguir mediante a intervenção nos processos de recrutamento e seleção dos folículos. O primeiro objetivo permitirá que se realize a inseminação artificial no momento propício, evitando o envelhecimento dos ovócitos e que se possa calcular o momento da fertilização e a fase de desenvolvimento dos embriões (realização de transplantes). Por outro lado, o segundo objetivo ajudará a aumentar a fertilidade e a prolificidade em um rebanho e, no caso de fêmeas doadoras para a transferência de embriões, a relação: número de embriões/fêmea doadora. A indução da ovulação e/ou o aumento da taxa de ovulação pode ser conseguida aumentando os níveis de gonadotropinas no sangue antes do início da atresia folicular, ou seja, 3 a 5 dias antes da ovulação. Por outro lado, a taxa de ovulação pode também ser aumentada através da imunização contra esteroides, embora, por outro lado, permitam uma sincronização de cios. Além disso, o aumento dos níveis de gonadotropinas pode ser conseguido estimulando a sua secreção pelo próprio organismo do animal, por injeção de fatores de liberação hipotalâmicos que estimulem na hipófise a secreção de gonadotropinas, através do manejo dos reprodutores (efeito macho) e da alimentação (Flushing) ou por injeção das gonadotropinas no animal. 6.3 Imunização contra esteroides A imunização contra esteroides é uma técnica eficaz para aumentar a taxa de ovulação de animais que encontram-se em atividade sexual, ou seja, fora do anestro, uma vez que o seu mecanismo de ação baseia-se na alteração do controle endócrino da ovulação devido à ação dos anticorpos contra os esteroides ováricos, especialmente contra a androstenediona. Esta última regula a produção de uma proteína denominada «interleucina l», secretada pelos macrófagos do sistema imunitário e que inibe a diferenciação dos receptores à LH nos folículos, sem afetar a quantidade de sangue do FSH. Por isso, a teoria que tenta explicar o mecanismo de ação dos tratamentos de imunização é a seguinte: «O bloqueio dos esteroides pelos anticorpos do tratamento reduziria a produção de «interleucina l», permitindo assim que um maior número de folículos tivessem receptores à LH e pudessem ovular». Existem dois tipos de imunização: imunização ativa e imunização passiva. Na primeira, a metodologia consiste em tratar o animal com uma série de vacinas por via subcutânea ou intradérmica, pelo menos em duas ocasiões, até que a resposta imunitária atinja o nível desejado e ele próprio produza os anticorpos contra o antígeno (androstenediona) contido no conteúdo da vacina. Por outro lado, na imunização passiva o animal tratado recebe soro, por via intravenosa, de outro animal que foi imunizado (anticorpos policlonais), ou anticorpos monoclonais produzidos mediante técnicas imunológicas modernas. 6.4. Injeções de hormonas gonadotropinas As preparações hormonais de gonadotropinas injetadas num momento adequado do ciclo estral permitem, por um lado, aumentar o número de folículos em desenvolvimento (preparações ricas em atividade FSH) e, por outro lado, controlar e sincronizar o momento da ovulação (preparações ricas em atividade LH). Atualmente, os preparados hormonais à base de LH e FSH puros obtidos a partir de glândulas pituitárias em matadouros deixaram de ser utilizados, já que, além de não serem economicamente rentáveis, a sua conservação e utilização acarreta inúmeros problemas. a) A PMSG ou gonadotropina do soro de égua gestante com atividade predominante em FSH. Este hormônio, que permite aumentar o número de folículos em desenvolvimento, deve ser injetado (em doses variáveis segundo a espécie; tabela 2) no início da fase folicular, imediatamente após a regressão do corpo lúteo, quando as gonadotropinas endógenas do próprio animal estimulam o crescimento folicular. Para determinar esse exato momento, normalmente se realiza uma sincronização do cio. Tabela 2. Doses de aplicação do PMSG e do HCG (em unidades internacionais SI) para regular a quantidade e o momento da ovulação Espécie PMSG HCG Vaca 2000 - 3000 500 - 2500 Ovelha 500 - 800 250 - 500 Porca 750 - 1500 500 - 1000 Adaptado e elaborado a partir de HUNTER, 1987. b) A HCG ou gonadotropina coriónica humana com atividade predominante em LH. Pode ser obtida facilmente, já que se acumula na urina da mulher gestante, servindo sua detecção como teste para a determinação da gestação (teste da rã: origina a ejaculação na rã macho). Uma vez que com esta hormona se pretende controlar o momento da ovulação, a injeção deve ser feita por via intravenosa ou intramuscular, algumas horas antes do animal ter iniciado o estro e portanto a liberação das hormonas gonadotropinas. Pode-se conseguir mediante a injeção, com um intervalo conhecido e em doses adequadas (2), após estimulação com PMSG ou após sincronização do estro. 6.5 Limites das técnicas de controle, sincronização e indução à ovulação Os objetivos almejados durante o tratamento de sincronização e indução da ovulação, acima mencionados, não chegaram a ser alcançados em sua totalidade devido, principalmente, aos seguintes fatores: a) O hipotálamo mediante a liberação em forma de ondas ou pulsações cada um ou dois minutos de fatores liberadores (GnRH) estimula a hipófise para a secreção de hormônios gonadotropinas, o que na prática é muito difícil de se artificializar. b) Como resultado das injeções de hormonas gonadotropas produz-se um feedback dos esteroides gonodais, o qual interfere na secreção de hormonas endógenas e na precisão da resposta. c) As preparações hormonais de natureza proteica provocam a formação de anticorpos no animal, pelo qual a relação dose-resposta não é exata. d) Uma vez que os níveis de resposta tenham sido atingidos, a administração de doses excessivas de gonadotropinas produz uma redução do número de ovulações e interfere nos mecanismos ovulatórios. -/- 7. RESUMO E PRIMEIRAS CONCLUSÕES A ovulação marca o culminar de uma série de alterações morfológicas, fisiológicas e endócrinas que se sucedem no aparelho reprodutor feminino e mais concretamente no ovário e nos folículos ováricos e cujo objetivo é a liberação, após a descarga ovulante de LH, de um ou mais ovócitos férteis, de acordo com as espécies. Da mesma forma, a ovulação se caracteriza pela retomada da meiose e a liberação do primeiro corpúsculo polar, bem como a iniciação da luteinização das células da granulosa e a reestruturação da parede do folículo. Isto ocorre tanto em espécies de ovulação espontânea como induzida. Todas estas alterações são condicionadas pela variação da concentração sanguínea das hormonas gonadotropinas devido ao feedback positivo ou negativo que os esteroides ováricos exercem sobre o hipotálamo em cada uma das fases do ciclo estral. Por este motivo, se num momento preciso do ciclo estral estimula-se a secreção, por parte da hipófise, de hormonas gonadotropinas mediante a injeção de fatores de liberação hipotalâmicos (GnRH) ou a aplicação de algumas técnicas de manejo (efeito macho e Flushing) ou mediante a incrementação da sua concentração no sangue através de injeções de preparações hormonais, será obtido um controle, sincronização e indução da ovulação. Os diferentes tratamentos de sincronização e indução da ovulação, embora apresentem algumas limitações, permitem regular o momento da ovulação e o número de folículos que chegarão a ovular, alcançando em alguns casos uma superovulação, objetivo pretendido na técnica de transplante de embriões. -/- 8. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS -/- BARUSELLI, Pietro Sampaio; GIMENES, Lindsay Unno; SALES, José Nélio de Sousa. Fisiologia reprodutiva de fêmeas taurinas e zebuínas. 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Acesso em: Fevereiro de 2020. -/- DERUSSI, A. A. P.; LOPES, M. D. Fisiologia da ovulação, da fertilização e do desenvolvimento embrionário inicial na cadela. Revista Brasileira de Reprodução Animal, v. 33, n. 4, p. 231-237, 2009. -/- DRIANCOURT, M. A. et al. The ovarian function. Paris: INRA, 1991. -/- DUKES, Henry Hugh; SWENSON, Melvin J.; REECE, William O. Dukes fisiologia dos animais domésticos. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 1996. -/- DURÁN DEL CAMPO, A. Anatomia, fisiologia de la reproduccion e inseminación artificial en ovinos. Montevideo, Editorial Hemisferio Sur, 1980. 245p. -/- HAFEZ, E. S. E.; HAFEZ, B. Reprodução animal. São Paulo: Manole, 2004. -/- HUNTER, R. H. F. Reproducción de los animales de granja. Zaragoza: Acribia, 1987. -/- ILLERA, M. Endocrinología Veterinaria y Fisiología de la Reproducción. Zaragoza: Fareso, 1994. -/- MARTIN, Ian; FERREIRA, João Carlos Pinheiro. Fisiologia da ovulação e da formação do corpo lúteo bovino. Veterinária e Zootecnia, v. 16, n. 2, p. 270-279, 2009. -/- RASWEILER IV, John J.; BADWAIK, Nilima K. Anatomy and physiology of the female reproductive tract. In: Reproductive biology of bats. Academic Press, 2000. p. 157-219. (shrink)

Resumo: Sabe-se que a pecuária é uma parcela do agronegócio que move a economia do país, e incluso está a produção leiteira, que tem, a cada ano seu desenvolvimento elevado, de forma em que é priorizado a eficiência no aumento de sua produção, com o objetivo de suprir a demanda, e a maior rentabilidade do produtor. Diante disso, medidas de manejo reprodutivo e alimentar são adotadas, sendo estas capazes de elevar a produtividade com o menor custo possível. O trabalho objetivou (...) pautar acerca do conhecimento sobre o manejo nutricional correto e escore corporal, que afetam diretamente a produtividade do animal, o conhecimento acerca do ciclo reprodutivo de vacas, expondo a detecção de estro, bem como metodologias eficazes aplicadas na reprodução, e práticas de bem estar, que, quando ausente, é apontado como um dos precursores da ineficiência reprodutiva. Palavras-chave: Inseminação Artificial 1; detecção de cio 2; leite 3. Abstract: It is known that livestock is a part of agribusiness that drives the country's economy, and is even milk production, which has, every year, its high development, so that it is prioritizing efficiency in increasing its production, with the objective of supplying the demand, and the greater producer profitability. Therefore, reproductive and food management measures are adopted, being able to increase productivity with the lowest possible cost. The work aimed guide about knowledge about correct nutritional management and body score, which affect directly the animal's productivity, knowledge about the reproductive cycle of cows, exposing estrus detection, as well as effective methodologies applied in reproduction, and practices of well-being, which, when absent, is pointed out as one of the precursors of inefficiency reproductive. Keywords: Artificial Insemination 1; heat detection 2; milk 3. -/- REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS ALFIERI, A. A. LEME, R. ALFIERI, A.F. Tecnologias para o manejo sanitário de qualidade de doenças infecciosas na bovinocultura de corte. Bovinocultura de corte: desafios e tecnologias. Revista eletrônica da Universidade Federal da Bahia - UFBA. ed. 2. v. 1. p. 115-132. 2013. ARBOLEDA, José Leonardo Ruiz; URIBE-VELÁSQUEZ, Luis Fernando; OSORIO, José Henry. Factor de crecimiento semejante a insulina tipo 1 (IGF-1) en la reproducción de la hembra bovina. Vet. zootec, v. 5, n. 2, p. 68-81, 2011. BAUMGARD, L.; RHOADS, R. Efeito do estresse calórico no metabolismo e na produção de leite, e estratégias para minimizar efeitos negativos. Em: XVI Curso Novos Enfoques na Produção e Reprodução de Bovinos. Uberlandia, Brasil, 2012. BARUSELLI, P. S. et al. Evolução e perspectivas da inseminação artificial em bovinos. Revista Brasileira de Reprodução Animal. v 43. n 2. p 308-314. 2019. BARUSELLI, Pietro Sampaio; GIMENES, Lindsay Unno; SALES, José Nélio de Sousa. Fisiologia reprodutiva de fêmeas taurinas e zebuínas. 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Embrapa Pecuária Sudeste. Circular Técnica,64. ISSN: 1981- 2086. CERVO. H J. Fatores intrínsecos à produção, o uso da inseminação artificial e os objetivos de seleção na pecuária leiteira do sul do Brasil, Rio Grande do Sul, Brasil. 2014. 228f. Tese (Doutorado em Zootecnia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul – UFRS, Porto Alegre. DA SILVA, Emanuel Isaque Cordeiro. Fisiologia Clínica do Ciclo Estral de Vacas Leiteiras: Desenvolvimento Folicular, Corpo Lúteo e Etapas do Estro. 2020. DA SILVA, Emanuel Isaque Cordeiro. Fisiologia da Reprodução Animal: Ovulação, Controle e Sincronização do Cio. 2020. DA SILVA, et al. Manual de Exame Ginecológico da Vaca. IX Mostra Nacional de Iniciação Científica e Tecnológica Interdisciplinar (MICTI) - IFC - Instituto Federal Catarinense. 2016. Arquivo digital disponível em: Acesso em: 15 de Novembro de 2021. DIAS. J C. et al. Alguns aspectos da interação nutrição-reprodução em bovinos: energia, proteínas, minerais e vitaminas. 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This paper seeks to answer the question: Can contemporary forms of artificial intelligence be creative? To answer this question, I consider three conditions that are commonly taken to be necessary for creativity. These are novelty, value, and agency. I argue that while contemporary AI models may have a claim to novelty and value, they cannot satisfy the kind of agency condition required for creativity. From this discussion, a new condition for creativity emerges. Creativity requires curiosity, a motivation to pursue epistemic (...) goods. I argue that contemporary AI models do not satisfy this new condition. Because they lack both agency and curiosity, it is a mistake to attribute the same sort of creativity to AI that we prize in humans. Finally, I consider the question of whether these AI models stand to make human creativity in the arts and sciences obsolete, despite not being creative themselves. I argue, optimistically, that this is unlikely. (shrink)

I argue for an account of creativity that unifies creative achievements in the arts, sciences, and other domains and identifies its characteristic value. This account draws upon case studies of creative work in both the arts and sciences to identify creativity as a kind of successful exploration. I argue that if creativity is properly understood in this way, then it is fundamentally a property of processes, something only agents can achieve, something that comes in degrees, subjectively novel, and non-formulaic. As (...) I develop the account, I show how it avoids challenges faced by other accounts of creativity, especially concerning creativity’s value. Hills and Bird (2018, 2019) have together argued that creativity is not necessarily valuable. My account challenges this view. If I am right that creativity is a kind of successful exploration, then creativity does have a characteristic value, specifically epistemic value. (shrink)

In this paper, I solve a puzzle generated by three conflicting claims about the relationship between faith, belief, and control: according to the Identity Thesis, faith is a type of belief, and according to Fideistic Voluntarism, we sometimes have control over whether or not we have faith, but according to Doxastic Involuntarism, we never have control over what we believe. To solve the puzzle, I argue that the Identity Thesis is true, but that either Fideistic Voluntarism or Doxastic Voluntarism is (...) false, depending on how we understand "control." I distinguish two notions of control: direct intention-based control and indirect reflective control. I argue that though we have direct intention-based control over neither belief nor faith, we have indirect reflective control over each of them. Moreover, indirect reflective control helps explain how we can be held accountable for each. (shrink)

In this paper I articulate a view of doxastic control that helps defend the legitimacy of our practice of blaming people for their beliefs. I distinguish between three types of doxastic control: intention-based, reason-based, and influence-based. First I argue that, although we lack direct intention-based control over our beliefs, such control is not necessary for legitimate doxastic blame. Second, I suggest that we distinguish two types of reason-responsiveness: sensitivity to reasons and appreciation of reasons. I argue that while both capacities (...) are necessary for satisfying the control condition, neither is sufficient. Finally, I defend an influence-based view of doxastic control according to which we have the capacity to execute intentions to engage in reflection that causally influences our beliefs in positive epistemic ways. This capacity is both necessary and sufficient for satisfying the control condition for legitimate doxastic blame. I end by defending the view from two objections: that reflection is not necessary for meeting the control condition, and that it is not sufficient. (shrink)

Technological developments have resulted in tremendous increases in the volume and diversity of the data and information that must be processed in the course of biomedical and clinical research and practice. Researchers are at the same time under ever greater pressure to share data and to take steps to ensure that data resources are interoperable. The use of ontologies to annotate data has proven successful in supporting these goals and in providing new possibilities for the automated processing of data and (...) information. In this chapter, we describe different types of vocabulary resources and emphasize those features of formal ontologies that make them most useful for computational applications. We describe current uses of ontologies and discuss future goals for ontology-based computing, focusing on its use in the field of infectious diseases. We review the largest and most widely used vocabulary resources relevant to the study of infectious diseases and conclude with a description of the Infectious Disease Ontology (IDO) suite of interoperable ontology modules that together cover the entire infectious disease domain. (shrink)

In this chapter, we explore whether agents have an epistemic duty to eradicate implicit bias. Recent research shows that implicit biases are widespread and they have a wide variety of epistemic effects on our doxastic attitudes. First, we offer some examples and features of implicit biases. Second, we clarify what it means to have an epistemic duty, and discuss the kind of epistemic duties we might have regarding implicit bias. Third, we argue that we have an epistemic duty to eradicate (...) implicit biases that have negative epistemic impact. Finally, we defend this view against the objection that we lack the relevant control over implicit bias that’s required for such a duty. We argue that we have a kind of reflective control over the implicit biases that we are duty-bound to eradicate. And since, as we show, we have this control over a wide variety of implicit biases, there are a lot of implicit biases that we have epistemic duties to eradicate. (shrink)

Technological developments have resulted in tremendous increases in the volume and diversity of the data and information that must be processed in the course of biomedical and clinical research and practice. Researchers are at the same time under ever greater pressure to share data and to take steps to ensure that data resources are interoperable. The use of ontologies to annotate data has proven successful in supporting these goals and in providing new possibilities for the automated processing of data and (...) information. In this chapter, we describe different types of vocabulary resources and emphasize those features of formal ontologies that make them most useful for computational applications. We describe current uses of ontologies and discuss future goals for ontology-based computing, focusing on its use in the field of infectious diseases. We review the largest and most widely used vocabulary resources relevant to the study of infectious diseases and conclude with a description of the Infectious Disease Ontology (IDO) suite of interoperable ontology modules that together cover the entire infectious disease domain. (shrink)

Eleonore Stump insightfully develops Aquinas’s theodicy to account for a significant source of human suffering, namely the undermining of desires of the heart. Stump argues that what justifies God in allowing such suffering are benefits made available to the sufferer through her suffering that can defeat the suffering by contributing to the fulfillment of her heart’s desires. We summarize Stump’s arguments for why such suffering requires defeat and how it is defeated. We identify three problems with Stump’s account of how (...) such suffering is defeated and offer solutions to each. We defend and strengthen Stump’s response to the hardest cases for her view, and explain what her view demands of God. (shrink)

One of the main challenges faced by Frankfurt-style Cases has been elaborated by Carlos Moya. According to this argument, seemingly insignificant alternatives can become significant and exempting due to the context in which agents find themselves. Given that Frankfurt-style Cases involve extreme situations, seemingly insignificant alternatives become robust, rendering Frankfurt Cases ineffective against the Principle of Alternative Possibilities. This paper provides an overview of the contextual alternatives and Frankfurt Cases debate, presents Moya’s strategy, and ultimately advances an argument to cast (...) doubt on the effectiveness of Moya’s attack on Frankfurt Cases. (shrink)

Numerous studies of the beliefs of people with anorexia nervosa (AN) suggest that a subset of such individuals may experience delusions. We first describe what makes a belief delusional and conclude that such characteristics can be appropriately applied to some beliefs of people with AN. Next, we outline how delusional beliefs may relate to the broader psychopathological process in AN, including: (1) they may be epiphenomenal; (2) they may be an initial partial cause of AN; (3) they may be caused (...) by aspects of AN; or (4) they may be sustaining causes, possibly involved in reciprocal causal relations with aspects of AN. We argue that there is good reason to believe that delusional beliefs of people with AN are not merely epiphenomenal, but rather that they’re causally connected to AN. Because of this, empirical studies can be designed to test for the presence of causal relations. We describe how these studies should be designed. The results of such studies have important implications for understanding the experience of individuals with AN and for the treatment of AN. We outline these implications. (shrink)

An accurate classification of bacteria is essential for the proper identification of patient infections and subsequent treatment decisions. Multi-Locus Sequence Typing (MLST) is a genetic technique for bacterial classification. MLST classifications are used to cluster bacteria into clonal complexes. Importantly, clonal complexes can serve as a biological species concept for bacteria, facilitating an otherwise difficult taxonomic classification. In this paper, we argue for the inclusion of terms relating to clonal complexes in biomedical ontologies.

Vaccine research, as well as the development, testing, clinical trials, and commercial uses of vaccines involve complex processes with various biological data that include gene and protein expression, analysis of molecular and cellular interactions, study of tissue and whole body responses, and extensive epidemiological modeling. Although many data resources are available to meet different aspects of vaccine needs, it remains a challenge how we are to standardize vaccine annotation, integrate data about varied vaccine types and resources, and support advanced vaccine (...) data analysis and inference. To address these problems, the community-based Vaccine Ontology (VO) has been developed through collaboration with vaccine researchers and many national and international centers and programs, including the National Center for Biomedical Ontology (NCBO), the Infectious Disease Ontology (IDO) Initiative, and the Ontology for Biomedical Investigations (OBI). VO utilizes the Basic Formal Ontology (BFO) as the top ontology and the Relation Ontology (RO) for definition of term relationships. VO is represented in the Web Ontology Language (OWL) and edited using the Protégé-OWL. Currently VO contains more than 2000 terms and relationships. VO emphasizes on classification of vaccines and vaccine components, vaccine quality and phenotypes, and host immune response to vaccines. These reflect different aspects of vaccine composition and biology and can thus be used to model individual vaccines. More than 200 licensed vaccines and many vaccine candidates in research or clinical trials have been modeled in VO. VO is being used for vaccine literature mining through collaboration with the National Center for Integrative Biomedical Informatics (NCIBI). Multiple VO applications will be presented. (shrink)

Abstract: English language teaching is very important because of the global status of English. English language teaching is a process that requires great efforts on the part of all the participants. Classroom interactions, activities, textbooks are the most important elements of teaching process for the aims and objectives of a course. Main objective of this study is to discover English language teaching skills in primary schools of union council Kumb Taluka Kotdiji, District Khairpur Mir’s. The Questionnaire was prepared for teachers (...) to explore the different aspects of teaching English skills and teachers’ skills, (Training, teacher qualifications regarding English, English teaching methodologies). The questionnaire identifies teacher training and instructional materials. A sample of 20 teachers (both male and female) were selected from different schools of union council Kumb Taluka Kotdiji, District Khairpur Mir’s. The data obtained was tabulated and analyzed by the percentage. (shrink)

Mitochondrial replacement therapy requires oocytes of women whose mitochondrial DNA will be transmitted to resultant children. These techniques are scientifically, ethically and socially controversial; it is likely that some women who donate their oocytes for general in vitro fertilisation usage would nevertheless oppose their genetic material being used in MRT. The possibility of oocytes being used in MRT is therefore relevant to oocyte donation and should be included in the consent process when applicable. In present circumstances, specific consent should be (...) obtained. However, once MRT becomes more routine, such consent could be incorporated into the general consent process for oocyte donation. The reported lack of proper consent for MRT from the oocyte donor in the first baby born via the technique is an ethical failing and should be corrected in any future practice of MRT. (shrink)

This article is about a very important metaphysical concept, macrocosm/microcosm and its appearance in Doric thought which in turn influenced Socrates and Plato. But since this concept has been gainsaid and negated in recent articles and distorted by some ancient thinkers it will be necessary to conduct reconstructive surgery to restore it to its pristine condition. Hopefully, this paper will illustrate how metaphysics is done with the use of the Mind's eye, in the reading of reality that was part and (...) parcel of the Greek mind but also in understanding the ancient Greeks themselves and their culture especially in the creation of the classical republican form of government. This account will discuss what macrocosm/microcosm is, its part in the Cosmos and hence its centrality in the Natural Law and in philosophy (wisdom). Second, it will prove the concept thru another natural law principle, righteousness. Third, point out it's provenance in Doric thought. In a corollary, it points to what the impact macrocosm/microcosm has on the true meaning "to be a lover of wisdom" and its importance in the concept of theosis. More than a research/academic article, this paper is also an exposition in which it will attempt to demonstrate the use and the mechanics of this principle by using a saying of Homer and the tripartite paradigm of the family. (shrink)

The current prevailing view is that participation in biomedical research is above and beyond the call of duty. While some commentators have offered reasons against this, we propose a novel public goods argument for an obligation to participate in biomedical research. Biomedical knowledge is a public good, available to any individual even if that individual does not contribute to it. Participation in research is a critical way to support an important public good. Consequently, all have a duty to participate. The (...) current social norm is that individuals participate only if they have a good reason to do so. The public goods argument implies that individuals should participate unless they have a good reason not to. Such a shift would be of great aid to the progress of biomedical research, eventually making society significantly healthier and longer lived. (shrink)

The COVID-19 pandemic revealed numerous weaknesses in pandemic preparedness and response, including underfunding, inadequate surveillance, and inequitable distribution of countermeasures. To overcome these weaknesses for future pandemics, WHO released a zero draft of a pandemic treaty in February, 2023, and subsequently a revised bureau's text in May, 2023. COVID-19 made clear that pandemic prevention, preparedness, and response reflect choices and value judgements. These decisions are therefore not a purely scientific or technical exercise, but are fundamentally grounded in ethics. The latest (...) treaty draft reflects these ethical considerations by including a section entitled Guiding Principles and Approaches. Most of these principles are ethical—they establish core values that undergird the treaty. Unfortunately, the treaty draft's set of principles are numerous, overlapping, and show inadequate coherence and consistency. We propose two improvements to this section of the draft pandemic treaty. First, key guiding ethical principles should be clearer and more precise than they currently are. Second, the link between ethical principles and policy implementation should be clearly established and define boundaries on acceptable interpretation, ensuring that signatories abide by these principles. (shrink)

This paper addresses the use of dispositions in the Infectious Disease Ontology (IDO). IDO is an ontology constructed according to the principles of the Open Biomedical Ontology (OBO) Foundry and uses the Basic Formal Ontology (BFO) as an upper ontology. After providing a brief introduction to disposition types in BFO and IDO, we discuss three general techniques for representing combinations of dispositions under the headings blocking dispositions, complementary dispositions, and collective dispositions. Motivating examples for each combination of dispositions is given (...) along with a specific use case in IDO. Description logic restrictions are used to formalize statements relating to these combinations. (shrink)

As opposed to a ‘one size fits all’ approach, precision medicine uses relevant biological, medical, behavioural and environmental information about a person to further personalize their healthcare. This could mean better prediction of someone’s disease risk and more effective diagnosis and treatment if they have a condition. Big data allows for far more precision and tailoring than was ever before possible by linking together diverse datasets to reveal hitherto-unknown correlations and causal pathways. But it also raises ethical issues relating to (...) the balancing of interests, viability of anonymization, familial and group implications, as well as genetic discrimination. This article analyses these issues in light of the values of public benefit, justice, harm minimization, transparency, engagement and reflexivity and applies the deliberative balancing approach found in theEthical Framework for Big Data in Health and Research to a case study on clinical genomic data sharing. Please refer to that article for an explanation of how this framework is to be used, including a full explanation of the key values involved and the balancing approach used in the case study at the end. Our discussion is meant to be of use to those involved in the practice as well as governance and oversight of precision medicine to address ethical concerns that arise in a coherent and systematic manner. (shrink)

Some have objected to human enhancement on the grounds that it violates the autonomy of the enhanced. These objections, however, overlook the interesting possibility that autonomy itself could be enhanced. How, exactly, to enhance autonomy is a difficult problem due to the numerous and diverse accounts of autonomy in the literature. Existing accounts of autonomy enhancement rely on narrow and controversial conceptions of autonomy. However, we identify one feature of autonomy common to many mainstream accounts: reasoning ability. Autonomy can then (...) be enhanced by improving people’s reasoning ability, in particular through cognitive enhancement; given how valuable autonomy is usually taken to be, this gives us extra reason to pursue such cognitive enhancements. Moreover, autonomy-based objections will be especially weak against such enhancements. As we will argue, those who are worried that enhancements will inhibit people’s autonomy should actually embrace those enhancements that will improve autonomy. (shrink)

Two attitudes are possible: one, that the world is an absolute jungle and that the exercise of coercive power by rulers is only a manifestation of this; and the other, that it is both necessary and right that there should be this exercise of power, that through it the world is much less of a jungle than it could possibly be without it, so that one should in principle be glad of the existence of such power, and only take exception (...) to its unjust exercise. (shrink)

In a recent study, we found a negative association between psychopathy and violence against genetic relatives. We interpreted this result as a form of nepotism and argued that it failed to support the hypothesis that psychopathy is a mental disorder, suggesting instead that it supports the hypothesis that psychopathy is an evolved life history strategy. This interpretation and subsequent arguments have been challenged in a number of ways. Here, we identify several misunderstandings regarding the harmful dysfunction definition of mental disorder (...) as it applies to psychopathy and regarding the meaning of nepotism. Furthermore, we examine the evidence provided by our critics that psychopathy is associated with other disorders, and we offer a comment on their alternative model of psychopathy. We conclude that there remains little evidence that psychopathy is the product of dysfunctional mechanisms. (shrink)

Individual health assessments (IHAs) for asymptomatic individuals provide a challenge to traditional distinctions between patient care and non-medical practice. They may involve undue radiation exposure, lead to false positives, and involve high out-of-pocket costs for recipients. A recent paper (Journal of the American College of Radiology 13(12): 1447–1457.e1, 2016) has criticised the use of IHAs and argued that recipients should be classified as ‘presenters’, not ‘patients’, to distinguish it from regular medical care. I critique this classificatory move, on two grounds: (...) one, it is conceptually suspect. Two, it obviates the medical ethics framework for IHAs, potentially exposing recipients of IHAs to lower standards of oversight and protection. Responsible regulation of IHAs will be easier to ethically justify if those seeking IHAs are considered patients and not merely presenters. (shrink)

The history of philosophy risks a self-opacity whereby we overestimate or underestimate our proximity to prior modes of thinking. This risk is relevant to assessing Hegel’s appropriation by McDowell and Priest. McDowell enlists Hegel for a quietist answer to the problem with assuming that concepts and reality belong to different orders, viz., how concepts are answerable to the world. If we accept Hegel’s absolute idealist view that the conceptual is boundless, this problem allegedly dissolves. Priest enlists Hegel for a dialetheist (...) answer to the problem with assuming that truth and falsity are mutually exclusive, viz., how certain sentences are both true and false. If we accept Hegel’s dialectical view that certain contradictions are necessary, this problem allegedly dissolves. For both McDowell and Priest, we find a true friend in Hegel. I argue that McDowell’s and Priest’s appropriations of Hegel overestimate Hegel’s affinity with quietism and dialetheism. McDowell reads Hegel as a quietist who silences metaphysical claims and the skeptical questions they raise against commonsense, but neglects Hegel’s adaptation of ancient skepticism against commonsense. Priest reads Hegel as a dialetheist who subordinates formal logic to dialectical logic by affirming the truth of certain contradictions, but neglects Hegel’s commitment to resolving contradictions for the sake of truth qua whole. I diagnose their misreadings in terms of what Hegel regards as the three moments of logic and argue that while McDowell jumps to its third moment, Priest stalls at its second moment. According to Hegel’s Encyclopedia Logic, logic has three “moments”: the abstractive moment of the understanding, which “stops short” at fixed categories; the negative moment of dialectic, which discovers the “genuine nature” of the categories, viz., that each “passes over, of itself, into its opposite”; and the positive moment of speculation, which grasps the “unity” of categories through the “dissolution” of their inner opposition. Hegel warns that if these moments are “kept separate from each other […] they are not considered in their truth”. I suggest that quietist and dialetheist readings of Hegel fail to consider truthfully the unified moments of his logic. In his quietist critique of metaphysics, McDowell enlists Hegel to dissolve the problem with assuming the duality of concept and reality. But McDowell helps himself directly to the third moment of logic, where the unity of the categories, and hence the boundlessness of the conceptual, would be fully articulated. Since he arrives at the third moment prematurely, ignoring its prior moments, he obscures its truth (§1). In his dialetheist critique of formal logic, Priest enlists Hegel to dissolve the problem with assuming the duality of truth and falsity. But Priest restricts himself gratuitously to the second moment of logic, where contradictions within the categories are not yet resolved. Since he stalls at the second moment, severed from its final moment, he obscures its truth (§2). I argue we can extricate Hegel from quietist and dialetheist misreadings only if we grasp the truth of the three moments of logic. (shrink)

This paper argues that McDowell wrongly assumes that “terror”, Cavell’s reaction to the radical contingency of our shared modes of knowing or our “attunement”, expresses a skepticism that is antinomically bound to an equally unacceptable dogmatism because Cavell rather regards terror as a mood that reveals the “truth of skepticism”, namely, that there is no conclusive evidence for necessary attunement on pain of a category error, and that a precedent for McDowell’s misunderstanding is Hegel’s argument for necessary attunement in a (...) system of knowing, whose refutation Schelling holds it is the “merit of skepticism” to provide. (shrink)

Kant’s critique/doctrine distinction tracks the difference between a canon for the understanding’s proper use and an organon for its dialectical misuse. The latter reflects the dogmatic use of reason to attain a doctrine of knowledge with no antecedent critique. In the 1790s, Fichte collapses Kant’s distinction and redefines dogmatism. He argues that deriving a canon is essentially dialectical and thus yields an organon: critical idealism is properly a doctrine of science or Wissenschaftslehre. Criticism is furthermore said to refute dogmatism, by (...) which Fichte means Spinozism. Schelling repudiates Fichte’s position in his Philosophical Letters by reviving Kant’s distinction. First, ‘critique’ for Schelling names a canon that is valid for all systems—including Spinozism—and thus favours none—not even the Wissenschaftslehre. Second, Schelling coins ‘dogmaticism’ to refer to what Kant calls ‘dogmatism’: reason’s uncritical claim to doctrine. Hence, he says all systems—even Fichte’s—are susceptible to the ‘enthusiasm’ of mistaking themselves for doctrines or ‘objects of knowledge’, instead of subjectively valid ‘objects of freedom’. I reconstruct Schelling’s argument for reviving Kant’s distinction, while noting two consequences for German idealism. First, if criticism favours no system, a system’s origin cannot be an act of knowledge, e.g., intellectual intuition, but only an act of endorsement. Second, if dogmaticism entails enthusiasm, a system’s goal cannot be absolute knowledge, but only infinite striving. Hence, by retrieving Schelling’s notion of dogmaticism, we can both gain a better understanding of the Letters and register the impact of a core Kantian distinction on the German idealist project. (shrink)

It is generally unquestioned that human subjects research review boards should assess the ethical acceptability of protocols. It says so right on the tin, after all: they are explicitly called research ethics committees in the UK. But it is precisely those sorts of unchallenged assumptions that should, from time to time, be assessed and critiqued, in case they are in fact unfounded. John Stuart Mill's objection to suppressers of dissent is instructive here: “If the opinion is right, they are deprived (...) of the opportunity of exchanging error for truth: if wrong, they lose, what is almost as great a benefit, the clearer perception and livelier impression of truth, produced by its collision with error”.1 Andrew Moore and Andrew Donnelly's compelling article, “The job of ‘ethics committees’”, is just this sort of challenge to conventional wisdom, a rejection of the notion that review boards should be considering ethical matters at all.2 If true, we should be substantially reforming our research ethics policies. And if false, rebuttals would help strengthen and ground the otherwise unquestioned assumption of the role of ethics committees. As it happens, I will argue that their critiques fall into the second category. While mistaken, they present a valuable opportunity to clarify the role of ethics committees and their relationship to relevant codes. In particular, I will defend a hybrid account where codes have strict primacy, but leave significant room for review boards …. (shrink)

The COVID-19 pandemic prompted immense work on the investigation of the SARS-CoV-2 virus. Ontologies – structured, controlled, vocabularies – are designed to support consistency of interpretation, and thereby to prevent the development of data silos. This paper describes how ontologies are serving this purpose in the virus research domain, following the principles of the Open Biological and Biomedical Ontology (OBO) Foundry and drawing on the resources of the Infectious Disease Ontology (IDO) Core. We report the development of the Virus Infectious (...) Disease Ontology (VIDO), a reference ontology extending IDO Core covering viral infectious diseases. We examine newly minted terms, showcase ontology term reuse, and illustrate the use of VIDO by annotating selections from recent life science research on SAR-CoV-2, in the interest of supporting machine learning projects. (shrink)

Biological evolution is a complex blend of ever changing structural stability, variability and emergence of new phe- notypes, niches, ecosystems. We wish to argue that the evo- lution of life marks the end of a physics world view of law entailed dynamics. Our considerations depend upon dis- cussing the variability of the very ”contexts of life”: the in- teractions between organisms, biological niches and ecosys- tems. These are ever changing, intrinsically indeterminate and even unprestatable: we do not know ahead of (...) time the ”niches” which constitute the boundary conditions on selec- tion. More generally, by the mathematical unprestatability of the ”phase space”, no laws of mo- tion can be formulated for evolution. We call this radical emergence, from life to life. The purpose of this paper is the integration of variation and diversity in a sound concep- tual frame and situate unpredictability at a novel theoretical level, that of the very phase space. Our argument will be carried on in close comparisons with physics and the mathematical constructions of phase spaces in that discipline. The role of symmetries as invariant preserving transformations will allow us to under- stand the nature of physical phase spaces and to stress the differences required for a sound biological theoretizing. In this frame, we discuss the novel notion of ”enablement”. Life lives in a web of enablement and radical emergence. This will restrict causal analyses to differential cases. Mutations or other causal differ- ences will allow us to stress that ”non conservation princi- ples” are at the core of evolution, in contrast to physical dynamics, largely based on conservation principles as sym- metries. Critical transitions, the main locus of symmetry changes in physics, will be discussed, and lead to ”extended criticality” as a conceptual frame for a better understanding of the living state of matter. (shrink)

Skepticism is one of the most enduring and profound of philosophical problems. With its roots in Plato and the Sceptics to Descartes, Hume, Kant and Wittgenstein, skepticism presents a challenge that every philosopher must reckon with. In this outstanding collection philosophers engage with skepticism in five clear sections: the philosophical history of skepticism in Greek, Cartesian and Kantian thought; the nature and limits of certainty; the possibility of knowledge and related problems such as perception and the debates between objective knowledge (...) and constructivism; the transcendental method as a response to skepticism and the challenge of naturalism; overcoming the skeptical challenge. (shrink)

It has recently been argued that reproductive genetic manipulation technologies like mitochondrial replacement and germline CRISPR modifications cannot be said to save anyone’s life because, counterfactually, no one would suffer more or die sooner absent the intervention. The present article argues that, on the contrary, reproductive genetic manipulations may be life-saving (and, from this, have therapeutic value) under an appropriate population health perspective. As such, popular reports of reproductive genetic manipulations potentially saving lives or preventing disease are not necessarily mistaken, (...) though such terminology still requires further empirical validation. (shrink)

In the Vocation of Man, Fichte makes the striking claim that life is eternal, rational, our true being, and the final cause of nature in general and of death in particular. How can we make sense of this claim? I argue that the public lectures that compose the Vocation are a popular expression of Fichte’s pre-existing commitment to what I call immortalism, the view that life is the unconditioned condition of intelligibility. Casting the I as an absolutely self-active or living (...) power enables his philosophical account of both the intelligibility of objects and of what it means to die. This explains his characterization of the Wissenschaftslehre as a system in which ‘all is act, movement, and life’. In Sect. 1, I explain the context of Jacobi’s use of ‘caput mortuum’ as a term for the thing in itself. In Sects. 2 and 3, I reconstruct two immortalist arguments from Fichte’s Jena period. The first is that the I’s self-activity rules out the existence of the thing in itself and thereby vanquishes ‘death’s head’. The second is that, insofar as the I charges us with the moral perfection of nature, it is the final cause of our entire life, including its end. This is to say that the I puts our every moment into question, even our last. In Sect. 4, I use these immortalist arguments to interpret the striking claim from the Vocation. (shrink)

Volume 20, Issue 2, February 2020, Page 20-22.

Moral enhancement is an ostensibly laudable project. Who wouldn’t want people to become more moral? Still, the project’s approach is crucial. We can distinguish between two approaches for moral enhancement: direct and indirect. Direct moral enhancements aim at bringing about particular ideas, motives or behaviors. Indirect moral enhancements, by contrast, aim at making people more reliably produce the morally correct ideas, motives or behaviors without committing to the content of those ideas, motives and/or actions. I will argue, on Millian grounds, (...) that the value of disagreement puts serious pressure on proposals for relatively widespread direct moral enhancement. A more acceptable path would be to focus instead on indirect moral enhancements while staying neutral, for the most part, on a wide range of substantive moral claims. I will outline what such indirect moral enhancement might look like, and why we should expect it to lead to general moral improvement. (shrink)

The right to withdraw from participation in research is recognized in virtually all national and international guidelines for research on human subjects. It is therefore surprising that there has been little justification for that right in the literature. We argue that the right to withdraw should protect research participants from information imbalance, inability to hedge, inherent uncertainty, and untoward bodily invasion, and it serves to bolster public trust in the research enterprise. Although this argument is not radical, it provides a (...) useful way to determine how the right should be applied in various cases. (shrink)

In some sense, survival seems to be an intrinsic matter. Whether or not you survive some event seems to depend on what goes on with you yourself —what happens in the environment shouldn’t make a difference. Likewise, being a person at a time seems intrinsic. The principle that survival seems intrinsic is one factor which makes personal fission puzzles so awkward. Fission scenarios present cases where if survival is an intrinsic matter, it appears that an individual could survive twice over. (...) But it’s well known that standard notions of “intrinsicality” won’t do to articulate the sense in which survival is intrinsic, since ‘personhood’ appears to be a maximal property. We formulate a sense in which survival and personhood (and perhaps other maximal properties) may be almost intrinsic—a sense that would suffice, for example, to ground fission arguments. It turns out that this notion of almost-intrinsicality allows us to formulate a new version of the problem of the many. (shrink)

A puzzle arises when we consider that, for Kant, the categories are 'original acquisitions' of our understanding to which we must nevertheless prove our entitlement via 'deduction', on pain of dogmatism. I resolve this puzzle by articulating skepticism’s role in the transcendental deduction, drawing on Kant’s construal of the skeptical 'question quid juris' in the juridical terms of entitlement to property. I then situate skepticism’s transformative potential within what Kant regards as reason’s 'maturation' from dogmatism toward self-knowledge. Finally, I contrast (...) Hegel’s account of spirit’s progress toward 'absolute knowledge', which shifts both the mode of skepticism and the prospect of maturation. (shrink)

This chapter intervenes in recent debates in Kant scholarship about the possibility of a general logical alien. Such an alien is a thinker whose laws of thinking violate ours. She is third-personal as she is radically unlike us. Proponents of the constitutive reading of Kant’s conception of general logic accordingly suggest that Kant rules out the possibility of such an alien as unthinkable. I add to this an often-overlooked element in Kant’s thinking: there is reason to think that he grants—and (...) in fact presupposes—the possibility of a transcendental logical alien. Such an alien is a knower whose laws of experience purport to violate ours. She is first-personal as she is radically like us. In other words, she is us, insofar as we are alienated from ourselves and our experience. I go on to draw an analogy between her, a dogmatist, and another transcendental alien, an evil agent. Just as a dogmatist is alienated from her (our) experiential laws, an evil agent is alienated from her (our) moral law. These forms of theoretical and practical self-conceit require self-knowledge in the form of a critique of speculative or practical reason. In bringing this point out, I aim to shift from the question of whether logical laws constitute our thinking to the question of whether grasping our experiential and moral laws as our laws constitutes our reason. (shrink)